محمد حنیف‌نژاد در سال1318 در خانواده‌یی زحمتکش و محروم در تبریز متولد شد و از کودکی با دردها و رنجهای محرومان آشنا گردید.
تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در دبستان همام و دبیرستانهای منصور و فردوس این شهر گذراند.
فعالیتهای اجتماعی همواره جزیی از زندگی حنیف‌نژاد بود. از دوره دبیرستان در هیأتهای مذهبی به فعالیت پرداخت، و در کوران نهضت ملی شدن نفت با مسائل سیاسی آشنا گردید.
پس از گرفتن دیپلم، به دانشکده کشاورزی کرج راه یافت. با ورود به دانشگاه، فعالیتهایش گسترش پیدا کرد. او نماینده دانشجویان دانشکده خود در جبهه ملی و عضو فعال نهضت آزادی و مسئول انجمن اسلامی دانشجویان دانشکده مزبور بود. در سال1342 در رشته مهندسی ماشین‌آلات کشاورزی فارغ‌التحصیل شد.
محمد در هر جمعیتی که وارد می‌شد، تحرک و فعالیت بیشتری بدان می‌بخشید.
فعالیتهای گسترده او باعث شد که دو روز پیش از رفراندوم قلابی شاه در بهمن سال1341 از طرف ساواک دستگیر شود. او هفت‌ماه را در زندانهای قزل‌قلعه و قصر گذراند. در زندان قزل‌قلعه بود که با پدر طالقانی آشنا شد. در همان زمان در زندان تحلیلهای سیاسی و برداشتهای ایدئولوژیک جدیدش را می‌نوشت و برای دوستانش به‌بیرون می‌فرستاد.
محمد حنیف‌نژاد پس از فراغت از تحصیل، در سال1342، به خدمت سربازی رفت. 9ماه در سلطنت‌آباد تهران و بقیه سربازیش را در مرکز توپخانه اصفهان و پادگان مرند سپری کرد. این دوران نیز برای او آموزنده بود. ماهیت ارتش شاه را بیشتر شناخت و در زمینه نظامی، تجربه‌ها و درسها فراگرفت.
پس از بازگشت از نظام‌وظیفه، با سعید محسن به مطالعات عمیق‌تری روی آورد. در آن دوران وقایع 15خرداد1342 اتفاق افتاده بود.
در سال39 که در اثر فشار آمریکا بر روی رژیم شاه برای پذیرش رفرمهای مورد نظر در جهت تغییر بافت التقاطی نظام حاکم از بورژوا ـ ملاک به سرمایه‌داری وابسته و تن‌دادن به سلطه آمریکا به‌عنوان قدرت مسلط به‌جای انگلیس، دیکتاتوری شاه تضعیف شده و در نتیجه مقداری فضای باز سیاسی ایجاد شد، مجدداً انبوه جریانها و افراد سر برداشتند. اما پس از سرکوب خونین قیام 15خرداد42 همه آنها دوباره ذوب شدند و از صحنه مبارزه خارج شدند. در این میان محمد حنیف‌نژاد و سعید محسن به‌ویژه با مطالعه درباره جنبشها و مبارزات مردم ایران و به‌ویژه مطالعه درباره روش احزاب سیاسی ایران و علل شکست آنها، بدین نتیجه رسیدند که علت اصلی شکست مبارزات گذشته فقدان یک رهبری ذیصلاح انقلابی مجهز به علم مبارزه و دارای تئوری انقلابی و آماده برای مبارزه و عمل انقلابی بوده است. در مورد شرایط مشخص پس از سرکوب قیام 15خرداد هم که اشکال رفرمیستی مبارزه به بن‌بست رسیده بود، به این نتیجه رسیدند که دوران کارهای رفرمیستی سپری شده است و برای مقابله با رژیم دیکتاتوری و وابسته شاه راهی جز راه مبارزه مسلحانه وجود ندارد. این کشف انقلابی، نطفه اولیه تشکیل سازمانی بود که بعدها «مجاهدین» نامیده شد. محمد حنیف، سعید محسن و اصغر بدیع‌زادگان در نیمه شهریورماه 1344 هسته اولیه سازمان مجاهدین خلق ایران را بنیانگذاری کردند.
مجاهد شهید محمد حنیف‌نژاد با درکی نوین و خلاق به دور از برداشتهای ارتجاعی و استثماری، از ایدئولوژی توحید و اسلام، قرآن و نهج‌البلاغه را به‌عنوان اصیل‌ترین منابع این ایدئولوژی و راهنمای عمل مطالعه می‌کرد و به تبیین مفاهیم آن می‌پرد‌اخت.
او با همان جدیت، مکاتب فلسفی، اجتماعی و انقلابی دیگر را نیز مطالعه می‌کرد. برای او حل مسائل انسان و به‌خصوص انسان معاصر و مردم دردمند استثمار شده جامعه ایران مهم بود. محمد معتقد بود هر نظری که انسان را در راه تکامل هدایت کند، و هر مکتبی که انسانهای به زنجیر کشیده را آزاد سازد، تکامل‌دهنده است و باید از دستاوردهای انقلابی دیگران استفاده نمود.
حنیف‌نژاد معتقد بود وظیفه و رسالت انسان صرفاً شناخت جامعه نیست، بلکه باید آن را در جهت تکامل تغییر داد. احساس مسئولیت نسبت به سرنوشت انسانهای مظلوم و تحت استثمار جامعه، او را به‌عمل فرامی‌خواند. او می‌گفت اگر در حدی که درک کرده‌ایم، دست به‌عمل نزنیم، به دور خواهیم افتاد. زیرا تأثیر عمل است که می‌تواند دانسته‌ها و شناساییهای ما را عمیق‌تر کند و ما را از تکرار نوسانی راهها و حرفهای قبل بازدارد. در همین راستا بود که او در کنار کار مخفی، قسمتی از وقت خود را برای جامعه‌گردی صرف می‌کرد. به جنوب تهران یا به روستا می‌رفت و با توده‌های مردم می‌نشست، از آنها نیرو می‌گرفت و از آنها می‌آموخت. او می‌گفت که اگر با توده‌های مردم و در کنار آنها نباشیم، و اگر سالها در محیطی دربسته به مطالعه کتاب و تفکر و اندیشه بپردازیم، محال است که بتوانیم کوچکترین تغییری در وضع جامعه به‌وجود آوریم.
محمد در یک‌جا نوشت: «برای درک قانونمندی هر بخش از طبیعت باید بر آن قسمت از طبیعت عمل کنیم. مثلاً برای درک قوانین حاکم بر جانوران باید بیولوژی حیوانی را مطالعه کرد. برای درک قوانین اجتماع باید در آن زیست و آن را مطالعه کرد. برای درک قوانین مبارزه باید در جریان آن شرکت کرد. برای رهبری مبارزه، نمی‌شود از حاشیه دستور داد. صلاحیت یعنی چه؟ از کجا ناشی می‌شود؟ صلاحیت چیزی نیست که انسان از شکم مادر با خودش سوغات آورده باشد. صلاحیت از شرکت در عمل توأم با جمعبندی نتیجه تجربیات به‌دست می‌آید». و در جای دیگری به یاران خود توصیه می‌کرد: «در بازدید از روستاها تنها به‌شناخت روابط تولیدی روستا اکتفا نشود، بلکه برادران توجه داشته باشند که درک روابط اجتماعی روستا از نظر شناخت روستاییان که از نظر کار آینده ما در روستا ضروری است، نیز لازم می‌باشد». به‌راستی که او لحظه‌یی غافل و فارغ از زمینه‌های عملی مبارزه نبود. این هوشیاری در جدیت او در برخورد با مسائل مختلف و بیزاری او از مسامحه و اهمال خود را نشان می‌داد.
جدی بودن محمد همواره با نظم همراه بود و همین نظم در کارها به وی اجازه می‌داد که از وقتش بیشترین استفاده را بنماید. کارها برایش درجه‌بندی داشت، برای هر کدام به‌نسبت درجه اهمیتشان وقت و انرژی می‌گذاشت. اگر عملی را می‌پذیرفت به بهترین نحو انجام می‌داد. همین امر سبب می‌شد با این‌که بیماری سینوزیت آزارش می‌داد و به‌شدت ضعیفش ساخته بود، اما به‌همه کارهایش به‌خوبی برسد.
در کنار کارهای تئوریک و تدوین ایدئولوژی سازمان او از کارهای عملی و ورزشی غافل نبود. در پایگاههای مخفی خود در کارهای طبخ و نظافت همیشه پیشتاز بود و کوهنوردی برایش آن‌چنان جدی بود که دیگر کارها. او با تمام گرفتاریهای سازمانی، هفته‌یی یکبار به‌کوه می‌رفت و می‌گفت: «آغوش کوهستان همیشه برای آنان که علیه کاخ‌نشینان قیام می‌کنند، باز است».
ضربه اول شهریور1350 که طی آن بیش از 95درصد اعضا و کادرهای سازمان دستگیر شدند فرازی بود که یقین استوار او به مبارزه و پیروزی را نشان داد. برخورد حنیف در برابر این ضربه که می‌توانست تمامی هستی و موجودیت سازمان را از بین ببرد به‌راستی آموزنده بود.
این ضربه برای سازمان جوانی که در آغاز کار خود بود و خود را برای دست زدن به‌عملیات بزرگ در آینده خیلی نزدیک آماده می‌کرد، به‌شدت ناگوار بود. کسانی که خود در چنین شرایطی قرار گرفته‌اند می‌توانند حالتی را که به افراد آن سازمان دست می‌دهد احساس کنند. در آن زمان که آن‌همه مأموران ساواک دربه‌در به‌دنبال حنیف‌نژاد و دیگر افراد سازمان می‌گشتند و شکنجه‌های وحشیانه روی مجاهدین ادامه داشت، حنیف‌نژاد برای رفقایش چنین نوشت: «اگر از شکستی که پیش آمده درست درس بگیریم می‌توانیم آن را تبدیل به‌پیروزی کنیم. آنچه که به ما ضربه می‌زند اشتباه ماست، نه هوشیاری و قدرت دشمن. حوادثی که پیش آمد بر ما ثابت کرد که دشمن نه‌تنها از نظر استراتژی، بلکه در تاکتیک هم ضعیف است». انسان در برابر چنین موضعگیری در مقابل ضربات وارده به‌یاد این جمله چه‌گوارا می‌افتد که « انقلابی کسی است که وقتی پیروزی هم‌چون چراغی کم‌نور در نقطه‌یی دوردست کورسو می‌زند، آن را مانند خورشید پیش چشم خود روشن ببیند».
محمد حنیف‌نژاد در تهیه و تدوین مباحث ایدئولوژیک سازمان خود نقش اساسی داشت. او از قدرت جمعبندی عمیقی برخوردار بود و از جریانها، قانونهای عام مبارزه را بیرون می‌کشید.
قبل از حنیف‌نژاد، آنها که نیروهای در صحنه بودند، با رنگ اسلامی یا ملی، قبل از هر چیز تابع تعادل قوای بین‌المللی یا تعادل جناحهای درونی حاکمیت بودند.
اما در همین شرایط کانون و هسته مرکزی مجاهدین در سال44 با زدن مهر بطلان ایدئولوژیکی، سیاسی و تشکیلاتی به اسلام استثماری و زدن مهر بطلان به مبارزه غیر انقلابی، تشکیل شد و با همه آنها مرزبندی کرد؛ از لحاظ ایدئولوژیک، با مرزبندی صوری بی‌خدا و باخدا، از لحاظ سیاسی با مبارزه رفرمیستی و قانونی و از لحاظ تشکیلاتی با مبارزه تفننی، و بدین ترتیب مبارزه انقلابی حرفه‌یی و مخفی را با اتکا به ایدئولوژی ضداستثماری توحیدی پیشه کرد.
رژیم شاه که به‌خوبی به‌اهمیت کار سترگ محمد حنیف‌نژاد آگاه بود، بعد از اسارتش، پس از شکنجه‌های وحشیانه از او می‌خواست که برای نجات از اعدام یکی از سه‌شرط زیر را بپذیرد:
یا در جهت تفرقه‌اندازیهای مطلوب ارتجاعی و استعماری، بر تضاد اسلام و مارکسیسم تأکید کند، یا با مبارزه مسلحانه اعلام مخالفت کند یا بگوید مجاهدین به‌عراق وابسته‌اند.
دژخیمان شاه به محمد حنیف می‌گفتند که اگر یکی از این سه‌شرط را قبول کند از اعدام او صرفنظر خواهند کرد. ولی بنیانگذار مجاهدین هیچ‌کدام از سه‌شرط رژیم شاه را نپذیرفت و با اقتدا به سرور آزادگان سیدالشهدا، شهادت را برگزید. محمد حنیف‌نژاد و 4تن از یارانش در سحرگاه 4خرداد1351تیرباران شدند.
برادر مجاهد مهدی ابریشمچی درباره تیرباران بنیانگذاران سازمان می‌گوید: «شاید چند هفته از شهادت بنیانگذاران سازمان گذشته بود که ما را با اتوبوس از زندان جابه‌جا می‌کردند. در کنار هر زندانی یک سرباز گذاشته بودند که مراقبت کند. سربازی که مراقب من بود به حرف آمد و گفت: می‌خواهم از سربازی فرار کنم، چون می‌ترسم مرا در جوخه آتش بگذارند. دوستی دارم که فرار کرده و گفته است که شاهد صحنه اعدام چند زندانی سیاسی بوده و چیزهایی برایم تعریف کرده که مرا تکان داده است.
این سرباز جزئیاتی را که دوستش نقل کرده بود، بازگو کرد و تردیدی برایم باقی نگذاشت که آن ماجرا صحنه اعدام محمد حنیف‌نژاد بوده است. از جمله این‌که گفت: مرد چارشانه‌یی بوده است که صحنه خیلی عجیبی ایجاد کرده بود، وقتی می‌خواستند اعدامشان کنند، با صدای بلند دعا می‌خوانده و حرفهای عجیبی زده بود که صحنه اعدام را به‌هم ریخته بود. البته آن مقداری که این سرباز می‌فهمیده و به‌عنوان دعا یاد می‌کرد، همان شعارهای الله‌اکبر و آیات قرآن بوده که محمد‌آقا در صحنه اعدام سر‌داده بود».
او در شام تیره آن روزگار «مشعل» ها را برافروخت و «غبار از رخ دین زدود» و از «توحید و از نوک پیکان رزم»، «ره انقلابی نوین را گشود» و شجره طیبه مجاهدین را با آرمان سترگ جامعه بی‌طبقه توحیدی بنیان گذاشت و با خون خود بذر آن‌را آبیاری نمود.
حنیف‌نژاد به‌راستی یک انقلابی بزرگ و خلاق بود. زندگی او نمونه‌یی است از زندگی انقلابیون بزرگی که به‌اسارت و بندگی تن درنمی‌دهند و به‌رغم فشارها و شکنجه‌ها، با قدمهای استوار برای تحقق بخشیدن به یک‌زندگی انسانی به‌پیش می‌روند. او در زمره کسانی بود که به‌گفته قرآن، هرگز کسانی که در راه خدا کشته می‌شوند، مرده مپندار، آنان زنده‌اند و از نعمتهای پروردگارشان بهره‌مند هستند.
تحصیلات ابتدایی و متوسطه را در دبستان همام و دبیرستانهای منصور و فردوس این شهر گذراند.
فعالیتهای اجتماعی همواره جزیی از زندگی حنیف‌نژاد بود. از دوره دبیرستان در هیأتهای مذهبی به فعالیت پرداخت، و در کوران نهضت ملی شدن نفت با مسائل سیاسی آشنا گردید.
پس از گرفتن دیپلم، به دانشکده کشاورزی کرج راه یافت. با ورود به دانشگاه، فعالیتهایش گسترش پیدا کرد. او نماینده دانشجویان دانشکده خود در جبهه ملی و عضو فعال نهضت آزادی و مسئول انجمن اسلامی دانشجویان دانشکده مزبور بود. در سال1342 در رشته مهندسی ماشین‌آلات کشاورزی فارغ‌التحصیل شد.
محمد در هر جمعیتی که وارد می‌شد، تحرک و فعالیت بیشتری بدان می‌بخشید.
فعالیتهای گسترده او باعث شد که دو روز پیش از رفراندوم قلابی شاه در بهمن سال1341 از طرف ساواک دستگیر شود. او هفت‌ماه را در زندانهای قزل‌قلعه و قصر گذراند. در زندان قزل‌قلعه بود که با پدر طالقانی آشنا شد. در همان زمان در زندان تحلیلهای سیاسی و برداشتهای ایدئولوژیک جدیدش را می‌نوشت و برای دوستانش به‌بیرون می‌فرستاد.
محمد حنیف‌نژاد پس از فراغت از تحصیل، در سال1342، به خدمت سربازی رفت. 9ماه در سلطنت‌آباد تهران و بقیه سربازیش را در مرکز توپخانه اصفهان و پادگان مرند سپری کرد. این دوران نیز برای او آموزنده بود. ماهیت ارتش شاه را بیشتر شناخت و در زمینه نظامی، تجربه‌ها و درسها فراگرفت.
پس از بازگشت از نظام‌وظیفه، با سعید محسن به مطالعات عمیق‌تری روی آورد. در آن دوران وقایع 15خرداد1342 اتفاق افتاده بود.
در سال39 که در اثر فشار آمریکا بر روی رژیم شاه برای پذیرش رفرمهای مورد نظر در جهت تغییر بافت التقاطی نظام حاکم از بورژوا ـ ملاک به سرمایه‌داری وابسته و تن‌دادن به سلطه آمریکا به‌عنوان قدرت مسلط به‌جای انگلیس، دیکتاتوری شاه تضعیف شده و در نتیجه مقداری فضای باز سیاسی ایجاد شد، مجدداً انبوه جریانها و افراد سر برداشتند. اما پس از سرکوب خونین قیام 15خرداد42 همه آنها دوباره ذوب شدند و از صحنه مبارزه خارج شدند. در این میان محمد حنیف‌نژاد و سعید محسن به‌ویژه با مطالعه درباره جنبشها و مبارزات مردم ایران و به‌ویژه مطالعه درباره روش احزاب سیاسی ایران و علل شکست آنها، بدین نتیجه رسیدند که علت اصلی شکست مبارزات گذشته فقدان یک رهبری ذیصلاح انقلابی مجهز به علم مبارزه و دارای تئوری انقلابی و آماده برای مبارزه و عمل انقلابی بوده است. در مورد شرایط مشخص پس از سرکوب قیام 15خرداد هم که اشکال رفرمیستی مبارزه به بن‌بست رسیده بود، به این نتیجه رسیدند که دوران کارهای رفرمیستی سپری شده است و برای مقابله با رژیم دیکتاتوری و وابسته شاه راهی جز راه مبارزه مسلحانه وجود ندارد. این کشف انقلابی، نطفه اولیه تشکیل سازمانی بود که بعدها «مجاهدین» نامیده شد. محمد حنیف، سعید محسن و اصغر بدیع‌زادگان در نیمه شهریورماه 1344 هسته اولیه سازمان مجاهدین خلق ایران را بنیانگذاری کردند.
مجاهد شهید محمد حنیف‌نژاد با درکی نوین و خلاق به دور از برداشتهای ارتجاعی و استثماری، از ایدئولوژی توحید و اسلام، قرآن و نهج‌البلاغه را به‌عنوان اصیل‌ترین منابع این ایدئولوژی و راهنمای عمل مطالعه می‌کرد و به تبیین مفاهیم آن می‌پرد‌اخت.
او با همان جدیت، مکاتب فلسفی، اجتماعی و انقلابی دیگر را نیز مطالعه می‌کرد. برای او حل مسائل انسان و به‌خصوص انسان معاصر و مردم دردمند استثمار شده جامعه ایران مهم بود. محمد معتقد بود هر نظری که انسان را در راه تکامل هدایت کند، و هر مکتبی که انسانهای به زنجیر کشیده را آزاد سازد، تکامل‌دهنده است و باید از دستاوردهای انقلابی دیگران استفاده نمود.
حنیف‌نژاد معتقد بود وظیفه و رسالت انسان صرفاً شناخت جامعه نیست، بلکه باید آن را در جهت تکامل تغییر داد. احساس مسئولیت نسبت به سرنوشت انسانهای مظلوم و تحت استثمار جامعه، او را به‌عمل فرامی‌خواند. او می‌گفت اگر در حدی که درک کرده‌ایم، دست به‌عمل نزنیم، به دور خواهیم افتاد. زیرا تأثیر عمل است که می‌تواند دانسته‌ها و شناساییهای ما را عمیق‌تر کند و ما را از تکرار نوسانی راهها و حرفهای قبل بازدارد. در همین راستا بود که او در کنار کار مخفی، قسمتی از وقت خود را برای جامعه‌گردی صرف می‌کرد. به جنوب تهران یا به روستا می‌رفت و با توده‌های مردم می‌نشست، از آنها نیرو می‌گرفت و از آنها می‌آموخت. او می‌گفت که اگر با توده‌های مردم و در کنار آنها نباشیم، و اگر سالها در محیطی دربسته به مطالعه کتاب و تفکر و اندیشه بپردازیم، محال است که بتوانیم کوچکترین تغییری در وضع جامعه به‌وجود آوریم.
محمد در یک‌جا نوشت: «برای درک قانونمندی هر بخش از طبیعت باید بر آن قسمت از طبیعت عمل کنیم. مثلاً برای درک قوانین حاکم بر جانوران باید بیولوژی حیوانی را مطالعه کرد. برای درک قوانین اجتماع باید در آن زیست و آن را مطالعه کرد. برای درک قوانین مبارزه باید در جریان آن شرکت کرد. برای رهبری مبارزه، نمی‌شود از حاشیه دستور داد. صلاحیت یعنی چه؟ از کجا ناشی می‌شود؟ صلاحیت چیزی نیست که انسان از شکم مادر با خودش سوغات آورده باشد. صلاحیت از شرکت در عمل توأم با جمعبندی نتیجه تجربیات به‌دست می‌آید». و در جای دیگری به یاران خود توصیه می‌کرد: «در بازدید از روستاها تنها به‌شناخت روابط تولیدی روستا اکتفا نشود، بلکه برادران توجه داشته باشند که درک روابط اجتماعی روستا از نظر شناخت روستاییان که از نظر کار آینده ما در روستا ضروری است، نیز لازم می‌باشد». به‌راستی که او لحظه‌یی غافل و فارغ از زمینه‌های عملی مبارزه نبود. این هوشیاری در جدیت او در برخورد با مسائل مختلف و بیزاری او از مسامحه و اهمال خود را نشان می‌داد.
جدی بودن محمد همواره با نظم همراه بود و همین نظم در کارها به وی اجازه می‌داد که از وقتش بیشترین استفاده را بنماید. کارها برایش درجه‌بندی داشت، برای هر کدام به‌نسبت درجه اهمیتشان وقت و انرژی می‌گذاشت. اگر عملی را می‌پذیرفت به بهترین نحو انجام می‌داد. همین امر سبب می‌شد با این‌که بیماری سینوزیت آزارش می‌داد و به‌شدت ضعیفش ساخته بود، اما به‌همه کارهایش به‌خوبی برسد.
در کنار کارهای تئوریک و تدوین ایدئولوژی سازمان او از کارهای عملی و ورزشی غافل نبود. در پایگاههای مخفی خود در کارهای طبخ و نظافت همیشه پیشتاز بود و کوهنوردی برایش آن‌چنان جدی بود که دیگر کارها. او با تمام گرفتاریهای سازمانی، هفته‌یی یکبار به‌کوه می‌رفت و می‌گفت: «آغوش کوهستان همیشه برای آنان که علیه کاخ‌نشینان قیام می‌کنند، باز است».
ضربه اول شهریور1350 که طی آن بیش از 95درصد اعضا و کادرهای سازمان دستگیر شدند فرازی بود که یقین استوار او به مبارزه و پیروزی را نشان داد. برخورد حنیف در برابر این ضربه که می‌توانست تمامی هستی و موجودیت سازمان را از بین ببرد به‌راستی آموزنده بود.
این ضربه برای سازمان جوانی که در آغاز کار خود بود و خود را برای دست زدن به‌عملیات بزرگ در آینده خیلی نزدیک آماده می‌کرد، به‌شدت ناگوار بود. کسانی که خود در چنین شرایطی قرار گرفته‌اند می‌توانند حالتی را که به افراد آن سازمان دست می‌دهد احساس کنند. در آن زمان که آن‌همه مأموران ساواک دربه‌در به‌دنبال حنیف‌نژاد و دیگر افراد سازمان می‌گشتند و شکنجه‌های وحشیانه روی مجاهدین ادامه داشت، حنیف‌نژاد برای رفقایش چنین نوشت: «اگر از شکستی که پیش آمده درست درس بگیریم می‌توانیم آن را تبدیل به‌پیروزی کنیم. آنچه که به ما ضربه می‌زند اشتباه ماست، نه هوشیاری و قدرت دشمن. حوادثی که پیش آمد بر ما ثابت کرد که دشمن نه‌تنها از نظر استراتژی، بلکه در تاکتیک هم ضعیف است». انسان در برابر چنین موضعگیری در مقابل ضربات وارده به‌یاد این جمله چه‌گوارا می‌افتد که « انقلابی کسی است که وقتی پیروزی هم‌چون چراغی کم‌نور در نقطه‌یی دوردست کورسو می‌زند، آن را مانند خورشید پیش چشم خود روشن ببیند».
محمد حنیف‌نژاد در تهیه و تدوین مباحث ایدئولوژیک سازمان خود نقش اساسی داشت. او از قدرت جمعبندی عمیقی برخوردار بود و از جریانها، قانونهای عام مبارزه را بیرون می‌کشید.
قبل از حنیف‌نژاد، آنها که نیروهای در صحنه بودند، با رنگ اسلامی یا ملی، قبل از هر چیز تابع تعادل قوای بین‌المللی یا تعادل جناحهای درونی حاکمیت بودند.
اما در همین شرایط کانون و هسته مرکزی مجاهدین در سال44 با زدن مهر بطلان ایدئولوژیکی، سیاسی و تشکیلاتی به اسلام استثماری و زدن مهر بطلان به مبارزه غیر انقلابی، تشکیل شد و با همه آنها مرزبندی کرد؛ از لحاظ ایدئولوژیک، با مرزبندی صوری بی‌خدا و باخدا، از لحاظ سیاسی با مبارزه رفرمیستی و قانونی و از لحاظ تشکیلاتی با مبارزه تفننی، و بدین ترتیب مبارزه انقلابی حرفه‌یی و مخفی را با اتکا به ایدئولوژی ضداستثماری توحیدی پیشه کرد.
رژیم شاه که به‌خوبی به‌اهمیت کار سترگ محمد حنیف‌نژاد آگاه بود، بعد از اسارتش، پس از شکنجه‌های وحشیانه از او می‌خواست که برای نجات از اعدام یکی از سه‌شرط زیر را بپذیرد:
یا در جهت تفرقه‌اندازیهای مطلوب ارتجاعی و استعماری، بر تضاد اسلام و مارکسیسم تأکید کند، یا با مبارزه مسلحانه اعلام مخالفت کند یا بگوید مجاهدین به‌عراق وابسته‌اند.
دژخیمان شاه به محمد حنیف می‌گفتند که اگر یکی از این سه‌شرط را قبول کند از اعدام او صرفنظر خواهند کرد. ولی بنیانگذار مجاهدین هیچ‌کدام از سه‌شرط رژیم شاه را نپذیرفت و با اقتدا به سرور آزادگان سیدالشهدا، شهادت را برگزید. محمد حنیف‌نژاد و 4تن از یارانش در سحرگاه 4خرداد1351تیرباران شدند.
برادر مجاهد مهدی ابریشمچی درباره تیرباران بنیانگذاران سازمان می‌گوید: «شاید چند هفته از شهادت بنیانگذاران سازمان گذشته بود که ما را با اتوبوس از زندان جابه‌جا می‌کردند. در کنار هر زندانی یک سرباز گذاشته بودند که مراقبت کند. سربازی که مراقب من بود به حرف آمد و گفت: می‌خواهم از سربازی فرار کنم، چون می‌ترسم مرا در جوخه آتش بگذارند. دوستی دارم که فرار کرده و گفته است که شاهد صحنه اعدام چند زندانی سیاسی بوده و چیزهایی برایم تعریف کرده که مرا تکان داده است.
این سرباز جزئیاتی را که دوستش نقل کرده بود، بازگو کرد و تردیدی برایم باقی نگذاشت که آن ماجرا صحنه اعدام محمد حنیف‌نژاد بوده است. از جمله این‌که گفت: مرد چارشانه‌یی بوده است که صحنه خیلی عجیبی ایجاد کرده بود، وقتی می‌خواستند اعدامشان کنند، با صدای بلند دعا می‌خوانده و حرفهای عجیبی زده بود که صحنه اعدام را به‌هم ریخته بود. البته آن مقداری که این سرباز می‌فهمیده و به‌عنوان دعا یاد می‌کرد، همان شعارهای الله‌اکبر و آیات قرآن بوده که محمد‌آقا در صحنه اعدام سر‌داده بود».
او در شام تیره آن روزگار «مشعل» ها را برافروخت و «غبار از رخ دین زدود» و از «توحید و از نوک پیکان رزم»، «ره انقلابی نوین را گشود» و شجره طیبه مجاهدین را با آرمان سترگ جامعه بی‌طبقه توحیدی بنیان گذاشت و با خون خود بذر آن‌را آبیاری نمود.
حنیف‌نژاد به‌راستی یک انقلابی بزرگ و خلاق بود. زندگی او نمونه‌یی است از زندگی انقلابیون بزرگی که به‌اسارت و بندگی تن درنمی‌دهند و به‌رغم فشارها و شکنجه‌ها، با قدمهای استوار برای تحقق بخشیدن به یک‌زندگی انسانی به‌پیش می‌روند. او در زمره کسانی بود که به‌گفته قرآن، هرگز کسانی که در راه خدا کشته می‌شوند، مرده مپندار، آنان زنده‌اند و از نعمتهای پروردگارشان بهره‌مند هستند.
