رفسنجانی در مصاحبه‌یی با یک سایت عربی زبان که ترجمه آن را بر روی سایت خود نیز منتشر کرده، با ذکر خاطرات خود از دوران شاگردی در نزد بروجردی، بحثهای طلبگی آن را به موضوع روز و بحران رژیم گره زد و گفت: شورای فقهی برای مسایل عمده مدیریتی کشور از ضروریات زمانه است. تخصصی شدن اجتهاد، تخصصی شدن تقلید در بعضی از مسایل، شورای فقهی برای مسایل عمده مدیریتی کشور و همراهی علمای اهل سنت و شیعه در دانشگاهها میزگردها اجلاس‌ها و همایش‌ها از ضروریات زمانه است.
رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام آشکارا دعاوی ابلهانه خامنه‌ای مبنی بر ولی امر مسلمین جهان را زیر سؤال برد و افزود: «باید در دانشگاهها کلاس‌های مخلوط از دانشجویان شیعه و سنی با استادان شیعه و سنی تشکیل شود که اگر این اقدامات را داشته باشیم می‌توانیم به وحدت جهان اسلام امید ببندیم و می‌توانیم به ظرفیت اسلام برای اداره جهان بشریت اتکا کنیم»..
رفسنجانی کمی بعد از مرگ خمینی برای این‌که خامنه‌ای را سرجایش بنشاند، گفت مشکل ما این است که مرجع نداریم و چند سال پیش نیز گفته بود «اگر فقه تخصصی را بپذیریم باید تقلید تخصصی را هم بپذیریم و این‌گونه لازم نیست کسی در همه امور از یک نفر تقلید کند».
شماری از آخوندهای صاحب منصب نظام، نسبت به طرح مجدد شورای فقهی توسط رفسنجانی و
خالی کردن زیرپای خامنه‌ای واکنش نشان دادند و آن را غیرقانونی دانستند.آخوند رئیسی معاون اول قوه قضاییه دیکتاتوری آخوندی و عضو هیأت‌رئیسه خبرگان ارتجاع، در واکنش به اظهارات رفسنجانی گفت: در کشوری که در رأس آن ولی‌فقیه جامع الشرایط وجود دارد، بن‌بستی نداریم و در همه مسائلی که نیاز به اظهارنظر است ولی‌فقیه وجود دارد... حتی اگر رؤسای قوا نیز برداشتی از قانون داشته باشند، ولی‌فقیه جامع الشرایط پاسخگوی همه مسائل خواهد بود..
آخوند آشتیانی عضو تشکل جامعه مدرسین حوزه جهل و جنایت قم گفت: شورای فقهی" خلاف قانون اساسی است. اظهارات برخی افراد درباره تشکیل شورای فقهی خلاف قانون اساسی و هیچ‌گونه ضرورتی برای تشکیل این شورا احساس نمی‌شود.
آخوند ابراهیمی عضو تشکل آخوندی جامعه روحانیت تهران نیز در واکنش نیشداری گفت: چه ضرورتی وجود دارد... شورای فقهی وارد عمل شود و اگر برخی از افراد به‌دنبال این هستند که پینه و وصله درست کنند که این تشکل حاصل شود بهتر است به رهبری این پیشنهاد را ارائه دهد تا این موضوع مورد بررسی قرار گیرد.
