در جلسه علنی مجلس ارتجاع 21مهر 94 کوچک‌زاده فاش کرد که تأیید برجام در مجلس به حکم خامنه‌ای بوده است:
وی گفت: «چه دویست و چند نفری که امروز رأی دادند به طرح، بله ظرف 20دقیقه، چه آنهایی که رأی ندادند یک حجت داشتند. آن دویست و چند نفر بنا بر نقلهایی که شد، به این باور رسیدند که آقایشان این‌گونه می‌خواند. ما به این نتیجه نرسیدیم... .
این را می‌خواهم بگم که این را نمی‌شه آقای لاریجانی لاپوشانی کرد، بالاخره آقای توکلی هم گفت، همه هم دیشب تو تلویزیون دیدند که دویست تا پیشنهاد هست ولی ظرف 20دقیقه شد، بله ظرف 20دقیقه شد، چون در این‌جا آقای باهنر آمد اعلام کرد، که ما دیشب آقای لاریجانی، شمخانی و آقای حجازی که هر سه برای ما محترمند، لاریجانی بالاخره رئیس این مجلسه، شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ما است و آقای حجازی مسئول دفتر رهبری ما است، هر سه محترمند، ولی من فکر می‌کنم و مایی که رأی ندادیم فکر می‌کنیم، مجموعه نظرات این سه نفر هم، نظر رهبری نمی‌تواند تلقی بشود. بقیه فکر کردند این نظر رهبری است، و هیچ اختلافی هم نیست».
وی گفت: «چه دویست و چند نفری که امروز رأی دادند به طرح، بله ظرف 20دقیقه، چه آنهایی که رأی ندادند یک حجت داشتند. آن دویست و چند نفر بنا بر نقلهایی که شد، به این باور رسیدند که آقایشان این‌گونه می‌خواند. ما به این نتیجه نرسیدیم... .
این را می‌خواهم بگم که این را نمی‌شه آقای لاریجانی لاپوشانی کرد، بالاخره آقای توکلی هم گفت، همه هم دیشب تو تلویزیون دیدند که دویست تا پیشنهاد هست ولی ظرف 20دقیقه شد، بله ظرف 20دقیقه شد، چون در این‌جا آقای باهنر آمد اعلام کرد، که ما دیشب آقای لاریجانی، شمخانی و آقای حجازی که هر سه برای ما محترمند، لاریجانی بالاخره رئیس این مجلسه، شمخانی دبیر شورای عالی امنیت ما است و آقای حجازی مسئول دفتر رهبری ما است، هر سه محترمند، ولی من فکر می‌کنم و مایی که رأی ندادیم فکر می‌کنیم، مجموعه نظرات این سه نفر هم، نظر رهبری نمی‌تواند تلقی بشود. بقیه فکر کردند این نظر رهبری است، و هیچ اختلافی هم نیست».
