درباره برکناری پاسدار شمخانی توسط خامنه‌ای برای یک‌دست کردن هر چه بیشتر دولت رئیسی جلاد، روزنامه حکومتی اعتماد روز دوم خرداد نوشت: برخی معتقد بودند در سطوح بالا نارضایتی‌هایی از عملکرد شمخانی هم وجود داشته است. انتصاب احمدیان به عضویت مجمع تشخیص مصلحت توسط خامنه‌ای، هشت ماه قبل از برکناری شمخانی هم نشان می‌دهد برنامه این تغییرات از همان زمان تدوین شده بود.
این منبع افزود: در یکی از بولتنهای محرمانه خبرگزاری فارس که بعد از هک شدن این خبرگزاری منتشر شد، آمده بود که خامنه‌ای، در جریان اعتراضات پاییز سال گذشته از «تأخیر و کم‌تحرکی» شمخانی رضایت نداشته است.
این روزنامه حکومتی نوشت: آبان ۱۴۰۰ خبرگزاری مهر متعلق به سازمان تبلیغات گزارشی از اختلاف بین شهید محمدابراهیم همت و علی شمخانی در مدیریت جنگ منتشر کرد. انتشار این گزارش هم نشان‌دهنده وجود اختلافاتی بر سر استمرار حضور شمخانی در شورای عالی امنیت ملی بود.
آسوشیتدپرس روز اول خرداد در گزارشی از برکناری پاسدار شمخانی نوشت: او به‌طور فزاینده‌یی با انتقاد از درون حکومت مواجه شد. گزارشهایی که در اوایل سال جاری از دیدار شمخانی و مقامات رسمی سپاه پاسداران به بیرون درز کرد، اتهامات فساد مالی علیه وی از جمله معاملات املاک و مستغلات و حمل ونقل مربوط به خانواده‌اش را مجدداً برانگیخت.
خبرگزاری بلومبرگ نیز نوشت: رژیم ایران دبیر شورای عالی امنیت خود را تغییر داد و یک پاسدار کهنه‌کار را جایگزین شمخانی کرد که با یک مقام متهم به جاسوسی در ارتباط بوده است.
این خبرگزاری می‌افزاید: گمانه‌زنیها در مورد تغییر شمخانی از دیماه گذشته هنگام معاون به‌اتهام جاسوسی برای انگلستان اعدام شد افزایش یافت. این در حالی بود شمخانی از آن زمان به‌بعد اقدامات دیپلماتیک گسترده‌یی را برای گسترش روابط با روسیه و احیای روابط با عربستان انجام داد.
