سازمان عفو بین‌الملل روز شنبه ۲۹خرداد با انتشار یک بیانیه گفت این‌که ابراهیم رئیسی به جای قرار گرفتن تحت تحقیقات کیفری به‌خاطر جرایم بین‌المللی، در منصب ریاست‌جمهوری قرار گرفته است، نمودی فجیع از قصور جامعه بین‌المللی در رسیدگی به بحران مصونیت ساختاری در ایران است. انتخابات ریاست‌جمهوری ایران در تاریخ ۲۸خرداد ۱۴۰۰ صورت گرفت و در تاریخ ۲۹خرداد ۱۴۰۰، ابراهیم رئیسی به‌عنوان رئیس‌جمهور بعدی کشور اعلام شد.
سازمان عفو بین‌الملل در گزارش مفصلی مورخ آذر ۱۳۹۷، که جنایات علیه بشریت سابق و ادامه‌دار مرتبط با کشتار زندانیان در تابستان 67 را مستند کرده است، از ابراهیم رئیسی به عنوان یکی از اعضای «هیئت مرگ» تهران نام برده است که در ماه‌های مرداد و شهریور ۱۳۶۷، چندین هزار مخالف و دگراندیش سیاسی را در زندانهای اوین و گوهردشت تحت ناپدیدسازی قهری قرار داده و به‌طور فراقضایی اعدام کرد. اجساد قربانیان عمدتاً به‌طور مخفیانه در گورهای جمعی بی‌نام و نشان دفن شدند. در نتیجه، سازمان عفو بین‌الملل اعلام کرده است که ابراهیم رئیسی می‌بایست در خصوص جنایات علیه بشریت، شامل قتل، ناپدیدسازی قهری و شکنجه در ابعاد گسترده و سازمان‌یافته، تحت تحقیقات کیفری منطبق با موازین و قوانین بین‌المللی قرار بگیرد، از جمله توسط کشورهایی که اصل صلاحیت قضایی جهانی را اعمال می‌کنند.
علاوه بر این‌ها، ابراهیم رئیسی در دوران تصدی بر منصب ریاست قوه قضاییه از اسفند ۱۳۹۷، به‌عنوان مقام مافوق، ناظر بر دستگیری بی‌ضابطه هزاران تن از معترضان مسالمت‌جو، دگراندیشان و مخالفان، مدافعان حقوق‌بشر و اقلیت‌های مذهبی و اتنیکی تحت ستم بوده است. قوه قضاییه تحت ریاست او، هم‌چنین مصونیت مطلق به مسئولان دولتی و نیروهای امنیتی اعطا کرده است که مسئول کشتار صدها مرد، زن و کودک طی اعتراضات سراسری آبان ۹۸ و نیز دستگیری گسترده هزاران معترض و ارتکاب ناپدیدسازی قهری، شکنجه یا سایر رفتار‌های بی‌رحمانه، غیرانسانی و ترذیلی علیه صدها تن از آنها بوده‌اند.
بر اساس موازین و قوانین بین‌المللی حقوق‌بشر، از جمله مجموعه اصول تجدیدنظر شده سازمان ملل برای حفاظت و ارتقای حقوق‌بشر از طریق مبارزه با مصونیت، مقامات دولتی که شخصاً مسئول موارد نقض فاحش حقوق‌بشری بوده‌اند، به‌ویژه آن دسته از آنان که در بخش‌های قضایی، اطلاعاتی و امنیتی نقش داشته‌اند، دیگر نباید در نهادهای دولتی مشغول به کار شوند. آن افرادی که بر اساس شواهد و مدارک در ارتکاب جرایم بین‌المللی دست داشته‌اند، باید تحت تحقیقات کیفری قرار گیرند و در صورت وجود اسناد معتبر کافی، محاکمه شده و طی دوران دادرسی از مناصب‌شان تعلیق گردند.
با این حال، بحران مصونیت ساختاری حاکم بر ایران، به افرادی که به دلایل روشن مظنون به ارتکاب جرایم بین‌المللی و دیگر موارد نقض فاحش حقوق‌بشری هستند، اجازه داده است که از عدالت بگریزند و به جای آن، به مناصب بالای قدرت دست یابند. این وضعیت نه تنها تأثیری ویرانگر بر قربانیان و خانواده‌های آنان داشته است، بلکه هم‌چنین حاکمیت قانون را از بین برده است و زمینه ارتکاب مکرر جرایم بین‌المللی و نقض حقوق‌بشر را در ایران به شکلی گسترده و نیز نظام‌مند، فراهم کرده است.
کشورهای عضو شورای حقوق‌بشر سازمان ملل می‌بایست از مدتها قبل اقدامات مشخصی را برای برخورد با بحران مصونیت ساختاری در زمینه جدی‌ترین جرایم بین‌المللی اتخاذ می‌کردند. این اقدامات از جمله شامل تأسیس یک مکانیسم بی‌طرف و مستقل می‌شود تا شواهد و اسناد مرتبط با جدی‌ترین جرایم بین‌المللی ارتکاب یافته در ایران را به‌نحوی که در دادرسی‌های کیفری قابل استناد باشد، گرد‌آوری، نگهداری، تحلیل و تقویت نماید و بدین ترتیب زمینه دادرسی‌های کیفری مستقل و عادلانه را در آینده فراهم سازد.
