سفر پاپ به عراق با واکنش‌های غیظ‌آلود حکومت آخوندی مواجه شد. پاسدار حسین شریعتمداری نماینده خامنه‌ای در کیهان ۱۷اسفند نوشت: این ملاقات، ماجرای ملاقات خمینی با «اسقف هانیبال بوگینینی» نماینده پاپ ژان پل دوم را به‌خاطر می‌آورد... خمینی در آن ملاقات برای پاپ ژان پل دوم پیامی فرستاد که متأسفانه از سوی جناب پاپ بی‌پاسخ ماند.
پاسدار حسین شریعتمداری افزود: پاپ فرانسیس در حالی به‌عنوان مهمان آیت‌الله سیستانی وارد عراق شده است که آمریکا نه فقط حرمت قاسم سلیمانی مهمان عراق را نگاه نداشته بود بلکه خون او ابومهدی مهندس را بر زمین ریخته بود.
روزنامه حکومتی فرهیختگان ۱۷اسفند متعلق به ولایتی، مشاور خامنه‌ای تحت عنوان زوایای پنهان سفر پاپ به عراق نوشت: سفر پاپ به عراق تلاشی با اهداف چندگانه در راستای منافع قدرتهای سلطه‌گر غربی است... یکی از این عوارض (این سفر) تلاش برای ایجاد دوگانه‌سازی و هم‌چنین ایجاد و دامن‌زدن به رقابت کاذب میان حوزه علمیه قم و نجف است. این مورد اخیر به‌خصوص در شبکه‌های اجتماعی در حال تبلیغ و تفسیر است (و) موجب شده تا تحلیل سفر پاپ به عراق و دیدارش با آیت‌الله سیستانی وارد حواشی بشود. سلسله جنبان چنین تحلیل‌هایی اما بخش‌های مخالف نظام جمهوری اسلامی هستند.
آخوند رشاد، رئیس ارگان آخوندی موسوم به پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی که توسط خامنه‌ای تأسیس شده، درباره سفر پاپ گفت: جناب پاپ به سرزمین سوخته خوش آمدید. سری هم به یمن بزنید.
وی گفت: اگر به پیشینه مواضع و سوابق جناب پاپ مراجعه کنیم می‌بینیم ایشان جزو اسقفهای تندرو علیه مسلمانها تلقی می‌شده است... حالا که ایشان در عراق هستند آیا جا نداشت که به آقای ترامپ مسیحی می‌گفت که چرا قاسم سلیمانی را ترور کردید و رسماً مسئولیت آن را پذیرفتید؟؟ و چرا رئیس‌جمهور یک کشور رسماً مدعی می‌شود که شخصاً دستور دادم که فرمانده رسمی یک کشور را که مهمان یک کشور دیگر است ترور کنند؟ (خبرگزاری حکومتی تسنیم ۱۶ اسفند)
از سوی دیگر، روزنامه حکومتی جهان صنعت از باند روحانی نوشت: این‌که رهبر کاتولیک‌های جهان با آیت‌الله سیستانی دیدار می‌کند نشان‌دهنده آن است که در جهان دیانت آیت‌الله سیستانی را به‌عنوان رهبر جهان اسلام و مؤثر در این حوزه مورد توجه قرار داده و به‌رسمیت می‌شناسد.
روزنامه حکومتی ایران ارگان دولت آخوند روحانی در عین‌حال غیظ تمامیت رژیم را منعکس کرد و نوشت: باید اذعان کرد، نباید از این سفر انتظار داشت معجزه‌ای رخ داده و صلح به عراق بازگردد. کسانی این کشور را دستخوش ناآرامی کرده‌اند تا زمانی که در عراق حضور دارند، نمی‌توان انتظار بازگشت آرامش به این کشور را داشت (روزنامه حکومتی ایران ۱۶اسفند).
سایت حکومتی جماران روز یکشنبه ۱۷ اسفند با عنوان «صدا و سیما دیدار پاپ و آیت‌الله سیستانی را تحریم کرد؟!» نوشت:
محمدرضا زائری از بایکوت پوشش خبری دیدار پاپ فرانسیس و آیت‌الله سیستانی توسط صدا و سیما ابراز تعجب کرد.
محمدرضا زائری فعال رسانه‌ای با انتشار عکسی از دیدار پاپ فرانسیس و آیت‌الله سیستانی در پستی اینستاگرامی نوشت: «تا این لحظه درباره دیدار تاریخی و سرنوشت‌ساز پاپ با حضرت آیت‌الله سیستانی پست نگذاشته بودم، زیرا می‌دیدم دیگران به اندازه کافی به آن پرداخته‌اند.
اما رفتار عجیب اخبار امشب صدا و سیما در بایکوت این حادثه مهم را که دیدم لازم دانستم در حد نشر همین تصویر وظیفه خود را انجام دهم».
