شورای ملی مقاومت از سالها پیش به این موضوع پرداخته است.
به همین منظور در شورای ملی مقاومت کمیسیونی به نام کمیسیون آزادی ادیان و مذاهب وجود دارد.
بر اساس مصوبات شورای ملی مقاومت، تمامی ادیان و اقلیتهای مذهبی در ایران فردا بدون هیچ تبعیضی باید از تمامی حقوق شهروندی برخوردار بوده و در اجرای مراسم و شعائر و سنتهای مذهبی خود آزاد باشند.
بر اساس مصوبات این شورا، انتخاب شدن یا نشدن در مناصب دولتی نباید ارتباطی به دین، مذهب و عقیده و جنسیت فرد داشته باشد.
شورای ملی مقاومت بر جدایی دین از دولت تأکید داشته و در مصوبات خود بر آن تأکید میکند.
ماده چهارم از بیانیهٔ ۱۰مادهای مریم رجوی به همین موضوع اشاره دارد:
« مقاومت ایران از جدایی دین و دولت دفاع خواهد کرد و هر گونه تبعیض در مورد پیروان کلیه ادیان و مذاهب ممنوع خواهد بود».
برخی از شهدای سازمان مجاهدین که در نبرد با دیکتاتوری آخوندی جانشان را فدیه آزادی کردند، از هموطنان مسیحی و دیگر اقلیتهای مذهبی بودند.