به‌دنبال اعتراف علی مطهری در مورد ساخت بمب اتمی توسط حکومت آخوندی، ترقی عضو شورای مرکزی باند مؤتلفه در مصاحبه به خبرگزاری سپاه پاسداران به‌طور تلویحی خواهان محاکمه وی شد و گفت: کسانی که به دشمن آتو می‌دهند یک رفتار خطرناک است که برای جامعه ضرر دارد. باید با این نوع رفتارها فعالانه برخورد کرد. و وقتی ... برخورد نمی‌کنیم علی مطهری هم به خود اجازه می‌دهد که به قصد دیده‌شدن حرف چرندی زده و بگوید که جمهوری اسلامی از ابتدا می‌خواسته بمب هسته‌یی بسازد (خبرگزاری حکومتی فارس ۵اردیبهشت).
از سوی دیگر روزنامه حکومتی همدلی روز ۶اردیبهشت نوشت: اظهارات علی مطهری به‌معنی این است که مقامات نظام طی این سالیان «بخش قابل توجهی از واقعیت را به مردم نمی‌گفتند و هزینه‌های زیادی را مردم تحمیل کردند».
این روزنامه در مطلب دیگری نوشت: کاش نماینده‌های کنگره و سنای آمریکا این اظهارات نبینند یا نشنیده بگیرند. چون خیلی برای نظام بد می‌شود.
علی مطهری نایب‌رئیس پیشین مجلس ارتجاع روز ۴اردیبهشت در گفتگو با رسانه حکومتی «باشگاه خبرنگاران دانشجویی» قصد رژیم برای دستیابی به بمب اتمی را برملا کرد و گفت: از همان ابتدا که وارد فعالیت هسته‌یی شدیم هدفمان ساخت بمب و تقویت قوای بازدارنده بود، اما نتوانستیم محرمانه بودن این مسأله را حفظ کنیم و گزارشهای محرمانه توسط گروهک منافقین مجاهدین افشا شد.
کشوری که می‌خواهد استفاده صلح‌آمیز هسته‌یی داشته باشد هیچ‌گاه از غنی‌سازی شروع نمی‌کند بلکه ابتدا رآکتور تأسیس می‌کند و بعد به حوزه غنی‌سازی وارد می‌شود اما این‌که مستقیماً غنی‌سازی انجام می‌دهیم این شائبه را ایجاد می‌کند که می‌خواهیم بمب بسازیم.
اگر می‌توانستیم مثل پاکستان محرمانه بمب بسازیم و آزمایش کنیم، بسیار بازدارنده بود. کشورهای دیگر روی توان هسته‌یی حساب باز می‌کنند، لذا وقتی کاری را شروع کردیم باید تا آخرش می‌رفتیم. اکنون نظر خامنه‌ای این است که کلاً ساخت بمب هسته‌یی حرام است.
در حالی که علی مطهری، نایب‌رئیس پیشین مجلس ارتجاع برای جمع‌وجور کردن اذعان به بمب‌سازی اتمی توسط رژیم و افشای آن برای اولین بار توسط مجاهدین مجبور شد اعلام کند که حرفش تحریف شده، ویدئوی بخشهایی از مصاحبه او در اینترنت انتشار یافته که او نه یک بار بلکه چند بار روی بمب‌سازی تأکید می‌کند.
وی پس از انتشار مصاحبه‌اش و تکذیب سراسیمه سازمان انرژی اتمی رژیم گفته است که مصاحبه من با ایسکانیوز درست منعکس نشده است.
در بخشی از کلیپی که از مصاحبه علی مطهری انتشار یافته، او در مورد قصد رژیم برای ساختن بمب اتمی و افشار آن توسط مجاهدین چنین می‌گوید:
علی مطهری: ببینید ما اول که وارد این فعالیت هسته‌یی شدیم واقعاً هدفمان ساخت بمب بود دیگه ما تعارف که نداریم
خبرنگار: یعنی شما می‌گویید هدف ساخت بمب بوده واقعا؟
مطهری: خب الآن نظر مقام معظم رهبر این است که اصلاً ساختنش حرامه.
خبرنگار: یعنی از بیخ حرامه.
مطهری: آیه قرآن میگه ترحبون بهی عدوالله، برای این‌که بترسونیم. عرض کنم که منتهی نتونستم حفظش کنیم یعنی نتونستیم محرمانه‌بودن اون رو حفظ کنیم. لو رفت دیگه، حالا منافقین گزارش دادند و لو رفت. اما هدف این بود که بسازیم. نه گزارشهای محرمانه ار منافقها دادند به آژانس
خبرنگار: چه جوری داشتند اون گزارشها رو، نفوذ داشتند یا مثلا با بعضی از مسئولان در ارتباط بودند
مطهری: دیگه اینها همه جا هستند دیگه بالاخره همه جا اینها نفوذ دارند
خبرنگار: شما می‌گویید اون کار خوب بوده
علی مطهری: حالا که شروع کرده بودیم و دیگه می‌خواستیم این کار را بکنیم شما اگر می‌توانستیم این را حفظ اش بکنیم و بمب را آزمایش می‌کردیم کار تمام شده بود مثل پاکستان
خبرنگار: خب حالا مثلا همین پاکستان یا کره شمالی اینهایی که دارند مگه اوضاع خوبی دارند؟
علی مطهری: خب بالاخره رویشان حساب می‌کنند دیگه
خبرنگار: ما الآن هم روی ایران هم حساب می‌کنند بدون بمب
علی مطهری: اون به‌خاطر چیزهای دیگه هست که حساب می‌کنند اگر بمب بود بیشتر حساب می‌کردند
خبرنگار: یعنی شما می‌گویید پس در مجموع اگر داشتیم چیز بدی نبود حالا استفاده نمی‌کردیم
علی مطهری: ما که شروع کردیم باید تا آخرش می‌رفتیم
خبرنگار: حالا اینها که شما می‌گویید می‌گویم چون ما تا حالا رسمی خیلی نشنیدیم کسی این صحبت ها را بکند اینها که شما می‌گویید تبعاتی نداره مثلا روی مذاکرات و اینها به‌عنوان بالاخره به‌عنوان کسی که
علی مطهری: رسمی نیست حالا کسی به حرف ما توجه نداره
خبرنگار: خارجیها بالاخره پیدا می‌کنند کاری نداره برایشان
علی مطهری: ما که مسئولیتی نداریم ما از طرف خودمان داریم می‌گوییم
خبرنگار: شما یک جا گفته بودید که فقهی‌اش این است که استفاده کنید حرام است داشته باشیم که حرام نیست
علی مطهری: حالا اینهم یک توجیهی است یعنی بعضی‌ها حتی از نظر فقهی می‌گویند آقا آیه قرآن میگه که ترحبون بهی... یعنی ما بترسانیم ولی خب استفاده نکنیم از این نظر می‌گویند می‌توانیم بسازیم خب ولی حالا الآن نظر مقام رهبری این هست اصلاً ساختنش حرام است این‌که....
خبرنگار: یعنی کلاً از بیخ حرام است
علی مطهری: بله
(جنجال نیوز رژیم ۶اردیبهشت)
هاشمی رفسنجانی نیز تایید کرده بود که رژیم ایران در دوران جنگ ضدمیهنی با عراق، «در فکر تولید بمب هسته‌ای بود اما آن را عملی نکرد».
پاسدار محسن رضایی سرکرده سپاه در دوران جنگ ضدمیهنی نیز در نامه‌ای محرمانه به خمینی ملعون از نیاز به داشتن «سلاح‌های لیزری و هسته‌ای» برای بازدارندگی مقابل حملات عراق سخن گفته بود.
شورای ملی مقاومت ایران در سال ۱۳۸۱ فعالیت غنی‌سازی اورانیوم در نطنز و تاسیسات آب سنگین اراک را افشا کرده بود.
