اسفندیار رحیم مشایی، رئیس دفتر احمدی‌نژاد در زمان ریاست‌جمهوری در خصوص مرگ کاووس سیدامامی، استاد دانشگاه، قوه قضاییه را متهم به‌قتل وی کرد؛ مگر آن که خلافش ثابت شود. وی در یادداشتی در روز چهارشنبه ۲۵بهمن با اشاره به این‌که «وقتی کسی در زندان می‌میرد، دستگاه قضایی مسئول است و باید پاسخگو باشد»، نوشت: «کجای دنیا این‌طور است که یک نفر به‌عنوان سخنگوی متهمان چیزی بگوید و مسأله تمام بشود؟! به همین خاطر، شائبه ماستمالی به‌شدت در جامعه مطرح است. وی افزود: «حتی اگر فرض خودکشی را بپذیریم، باز هم این شبهه مطرح است که عوامل تحت‌امر مقامات قضایی یا ضابطین مرتبط، با بازداشت‌شدگان چه کرده‌اند که آنها ناچار شده‌اند برای رهایی از فشارها دست به خودکشی بزنند؟! رحیم مشایی نوشت: «با توجه به مشابه شدن وضعیت اسفبار یک استاد شناخته شده دانشگاه و چند جوان بی‌پناه و مظلوم...، این یک خامی بزرگ و خوش‌خیالی فاحش است که از مردم انتظار داشته باشند این را بپذیرند که بازداشتی‌ها چون فهمیده‌اند که اشتباه کرده‌اند، از شدت ناراحتی و پشیمانی خود را کشته‌اند. هر چند که اگر این‌طور هم می‌بود باز هم دستگاه قضایی مسئول مرگ این انسانهای بازداشت شده است. اسفندیار رحیم مشایی در یادداشت خود خواستار تشکیل کمیته‌یی متشکل از افراد منصف، باتقوا، دقیق، زیرک و با احساس مسئولیت برای تحقیق درباره مرگ زندانیان شده است.
وی افزود: دستگاه قضایی تا تعیین وضعیت و معلوم شدن حقیقت، شایستگی ندارد فرزندان ملت را دستگیر و بازداشت نماید، زیرا حداقل، شایستگی برای حفاظت از جان افراد را ندارد و بر اساس اعتراف خود، قادر به ممانعت از خودکشی آنها نیست. باید مسئولان ضابطان، تا معلوم شدن حقایق، در این زمینه سلب اختیار شوند.
همزمان با انتشار یادداشت اسفندیار رحیم مشایی، محمود احمدی‌نژاد،
پس از این‌که مأموران مانع شدند در جلسه دادگاه حمید بقایی معاونش در زمان ریاست جمهوری حضور یابد، گفت: امروز متأسفانه یکی از مهمترین مجموعه‌هایی که باید حافظ حقوق ملت باشد، در مقابل ملت است، کوچکترین انتقاد، کوچکترین اعتراض با شدیدترین رفتار مواجه می‌شود. یک جوانی که به تنگ آمده است، یک مردی که در مقابل خانواده به‌خاطر فقر شرمنده است به‌محض این‌که صدایش درمی‌آید، دستگیر می‌شود و می‌برند در زندانها و افراد را بدون ملاحظه دستگیر می‌کنند، جنازه را تحویل می‌دهند و بعد هم می‌گویند معتاد بوده است، خودکشی کرده است...»
