رئیسی جلاد، محمد اسلامی را که به‌دلیل نقش‌اش در برنامه رژیم برای تولید سلاح اتمی و توسعه سیستمهای حمل تسلیحات اتمی توسط ملل متحد تحریم شده، به‌عنوان رئیس جدید سازمان انرژی اتمی رژیم و معاون خودش منصوب کرد.
شورای ملی مقاومت ایران در ۴شهریور ۱۳۸۴ طی یک کنفرانس مطبوعاتی در واشنگتن درباره برنامه مخفی اتمی رژیم اعلام کرد:
«عبدالقادرخان در سال ۱۹۸۷ یعنی در مراحل اولیه برنامه اتمی رژیم آخوندی حداقل دوبار با سرکردگان سپاه پاسداران ملاقات داشته است. سرپرست هیأت ملاقات‌کننده از طرف سپاه، محمد اسلامی رئیس مرکز تحقیقات سپاه پاسداران بوده است».
شورای ملی مقاومت در ۳۱شهریور۱۳۸۴ نیز طی یک کنفرانس مطبوعاتی که در آن یک گزارش جامعه در مورد برنامه مخفی اتمی رژیم آخوندی شامل هزار گزارش، از جمله به نقش محمد اسلامی در پروژه ساخت بمب اتمی پرداخت.
محمد سیدالمحدثین، مسئول کمیسیون خارجه شورای مل مقاومت در این کنفرانس جزییاتی در مورد معاملات مخفی رژیم آخوندی با شبکه عبدالقادر خان پدر بمب هسته‌یی پاکستان فاش کرد و گفت: معاملات با عبدالقادر خان مستقیماً در تهران صورت گرفته است. طرف مذاکره با عبدالقادر خان در ۱۹۸۶ محمد اسلامی بود که از فرماندهان سازمان دفاعی و آموزشی وزارت دفاع بوده است. محمد اسلامی یکی از افرادی بود که در ملاقات دیگری با عبدالقادر خان نیز در سال ۱۹۸۷ در دوبی شرکت داشت.
سازمان ملل متحد محمد اسلامی را در سال۱۳۸۴ به‌دلیل نقشی در گسترش سلاح اتمی و توسعه سیستمهای حمل تسلیحات اتمی رژیم و نیر تهیه تجهیزات و مواد فناوری ممنوعه داشت تحریم کرد.
آسوشیتدپرس روز ۷شهریور۱۴۰۰ درباره انتصاب محمد اسلامی توسط رئیسی جلاد به سمت رئیس جدید سازمان انرژی اتمی گزارش داد: در سال۲۰۰۸ میلادی (۱۳۸۷ شمسی) سازمان ملل متحد محمد اسلامی را به‌دلیل مشارکت مستقیم و پشتیبانی از فعالیت‌های حساس گسترش سلاح هسته‌یی و توسعه سیستمهای حمل تسلیحات هسته‌یی تحریم کرد.
سازمان ملل متحد وی را با " تهیه اقلام، کالاها، تجهیزات، مواد و فن‌آوری ممنوع" مرتبط دانست.
