با تداوم قیام، باهنر عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام آخوندی خواهان تغییر در بعضی از اصول و ساختارهای رژیم و شد و شرمگینانه منکر برخی از حرف‌های خمینی ملعون شد.
وی گفت: بعضی از اصول و ساختارهای نظام باید اصلاح و تجدیدنظر بشود. من از این به «جمهوری دوم» تعبیر می‌کنم. من این را که می‌گویم بعضی‌ها می‌گویند باهنر هم می‌خواهد انقلاب کند!
وی هم‌چنین با زبونی حرف‌های خمینی ملعون در مورد نابودی اسراییل و صدور ارتجاع را پس گرفت و گفت: من قدری تردید دارم که خمینی گفته باشد اسراییل باید از بین برود. یک زمانی هم در شورای دفاع بحث شد که این، موضع نظام جمهوری اسلامی باشد یا نه؟ که او گفت بگویید نه، آن طلبه گفته است. چون آن موقع می‌گفتند خمینی گفته صدور انقلاب و در بیرون از کشور، ایران‌هراسی راه انداخته بودند که با توپ و تانک و لشکرکشی می‌خواهد انقلابش را صادر کند. امام توضیح دادند که ما اگر می‌گوییم صدور انقلاب، منظور صدور فرهنگی، اعتقادی، صدور فکری است، نه صدور نظامی (سایت حکومتی فردا نیوز ۱۶بهمن).
