بر اساس سند بازنشر شده در سایتهای اینترنتی، آقای منتظری طی نامهٴ فوق محرمانه‌یی به خمینی جنایتکار نسبت به شرایط وخیم زندانها و کشتار وسیع مجاهدین دربند اعتراض کرده است. این نامه دقیقاً در روز 5مهرماه سال 60 که هر شب صدها تیر خلاص در زندانهای کشور به مجاهدان زندانی زده می‌شد نوشته شده است. بخشهایی از نامه و کلیشه آن ذیلا آورده شده است:
گزیده‌یی از نامه آقای منتظری به خمینی جلاد:
(۵ مهر ۱۳۶۰) - «نامه به آیت‌الله خمینی در مورد ضعف عملکرد شورای عالی قضایی و ایجاد گروه گرایی در سپاه پاسداران»
«بسم الله الرحمن الرحیم
محضر مبارک آیت‌الله العظمی امام خمینی مدظله العالی
پس از سلام، با این‌که مدتی است موفق به زیارت حضرتعالی نشده‌ام و تصمیم داشتم برای امور جاریه کشور که طبعاً هر کدام مسئولی دارد مزاحم اوقات شریف نشوم، ولی بر حسب احساس وظیفه شرعی لازم دانستم به نحو اجمال خاطر حضرتعالی را به جریاناتی که در مهمترین ارگانهای ضامن بقاء انقلاب و کشور میگذرد جلب کنم:
1. ضعف شورایعالی قضایی و در نتیجه دادگاههای انقلاب به حدی است که افراد صادق و متعهدی که خود در متن آنها هستند میگویند اوضاع جاری زندان اوین و بسیاری از زندانهای شهرستانها از قبیل اعدامهای بی‌رویه و احیاناً بدون حکم قضات شرع یا بدون اطلاع آنها و گاهی به‌رغم مخالفت با آنها و ناهماهنگی بین دادگاهها و احکام صادره و تاثیر جوها و احساسات و عصبانیتها در احکام صادره و حتی اعدام دختران سیزده چهارده ساله به صرف تندزبانی بدون این‌که اسلحه در دست گرفته یا در تظاهرات شرکت کرده باشند کاملاً ناراحت‌کننده و وحشتناک است، فشارها و تعزیرات و شکنجه‌های طاقت‌فرسا رو به افزایش است.
آمار زندانیان به حدی است که بسا در یک سلول انفرادی پنج نفر باید با وضع غیرانسانی بمانند؛ حتی به آنها نوعا امکانات نماز خواندن هم داده نمی‌شود؛ و به تعبیر یکی از قضات شرع هرج و مرج و خود مختاری مسئولان بازجویی و بازپرسی سخت نگران‌کننده است
... زمزمه‌هایی حتی از خانواده‌های متعبد و مذهبی شروع شده که معلوم نیست گسترش نیابد، چون خون طبعاً تحریک کننده عواطف و احساسات است، و بالاخره اموری در زندانها میگذرد که اگر حضرتعالی اطلاع داشتید قطعاً به آنها رضایت نمی‌دادید. البته این مطالب را کسی به حضرتعالی مینگارد که از اول مخالف گروهها بوده و از آنها هم ضربه خورده و سعی دارد عقل و فکر را حکم قرار دهد و تحت‌تاثیر احساسات آنی واقع نشود.
۲. سپاه پاسداران تقریباً به‌صورت اهرم گروهها و افراد درآمده، در برخوردها و تصفیه‌ها و عزل و نصبها کمتر تقوی و خط اسلام و رهبر مطرح است، و بسا احیاناً به جای تصفیه افراد مشکوک یا مظنون افراد صالح و مفید تصفیه و حقوق آنان قطع میشود، و پیش‌بینی میشود اگر سپاه به این وضع پیش برود در آینده نزدیکی این ارگان انقلابی متلاشی یا به‌صورت یک ارگان انتظامی بی‌خاصیتی درآید. لازم است به هر نحو ممکن سپاه از گروه بازی نجات یابد و نمایندگی حضرتعالی در آن به شکل فعال و مؤثردر آید.
والسلام علیکم و ادام الله ظلکم
۲۸ ذی القعده ۱۴۰۱ ء حسینعلی منتظری»
شایان ذکر است که در ۵ مهر سال ۱۳۶۰ برای اولین بار میلیشیای مجاهد خلق شعار مرگ بر خمینی را به میان توده‌های مردم برد. در این روز واحدهای میلیشیای مجاهد خلق، در نقاط مختلف تهران به خیابانها ریختند و شعار مرگ بر خمینی را به میان توده‌های مردم بردند و بت خمینی دجال را که زمانی عکس خود را در ماه نشان می‌داد، شکستند. به‌یمن پاکبازی بی‌نظیر مجاهدین و میلیشیای قهرمان، تصویر کریه‌ترین و خونریزترین دیکتاتور معاصر در چهره منحوس خمینی به مردم ایران نشان داده شد.
آن روز صدها رزمنده جان‌برکف و میلیشیای پاکباز مجاهد، با جسارتی ستودنی در خیابانها رودرروی پاسداران مسلح خمینی خروشیدند و با شعار مرگ بر خمینی، زنده باد آزادی، سنگفرش خیابانها را با خون خود رنگین کردند. تصاویر 1142تن از این شهدا که فقط در مهرماه سال 1360 بشهادت رسیدند طی ویژه نامه‌ای در نشریه مجاهد منتشر شد.
