در 8فروردین سال 1368، خمینی طی حکمی منتظری را از جانشینی خود عزل کرد. در همان زمان اسنادی منتشر شد که نشان داد عزل منتظری، به‌خاطر اعتراض او به قتل‌عام وحشیانه زندانیان سیاسی بود. این اسناد نامه‌هایی بودند که منتظری به خمینی نوشته بود و همچنین نامه‌یی که او به جنایتکارانی که تحت عنوان قاضی دست‌اندرکار این قتل‌عام بودند.
در این نامه‌ها منتظری عبارت «قتل‌عام» را به‌کار برده و از اعدام «چند هزار نفر در ظرف چند روز»، اعدام «بی گناهان یا کم گناهان»، «بی‌اعتنایی به همه موازین قضایی» اسم برده است.
این اسناد، البته اولین افشاگریهایی نبودند که قتل‌عام زندانیان سیاسی را که از مرداد سال67 شروع شده بود برملا می‌کردند. خبر این جنایت قبل از آن از دیوارهای قطور اختناق خمینی گذشته و انزجار جهانی را برانگیخته بود. در پاییز سال67 فعالیتها، تظاهرات و اعتصاب‌غذا با شرکت هزاران تن از هواداران مجاهدین و مقاومت ایران در 17کشور جهان، تأثیرات گسترده‌یی برجا گذاشت و منجر شد بسیاری از سازمانهای حقوق‌بشری بین‌المللی علیه این جنایت اعتراض کنند.
اما انتشار نامه‌های منتظری ویژگی حقوقی و سیاسی خاصی داشت از این‌رو که برای اولین بار اسنادی درباره چگونگی شروع قتل‌عام و نحوه اجرای آن و ابعاد این جنایت را برملا می‌کرد. به‌ویژه که این اسناد از جانب کسی منتشر می‌شد که دومین مقام رژیم ولایت‌فقیه محسوب می‌شود و خمینی او را به مدت ده سال در سمت قائم‌مقام خود حفظ کرده بود.
چندی بعد اضافه بر این نامه‌ها، اصل فتوای خمینی برای قتل‌عام زندانیان سیاسی انتشار پیدا کرد. انتشار نامه احمدی خمینی و پاسخ خمینی به آن که تأکید دوباره‌یی بود بر قتل‌عام زندانیان سیاسی این مجموعه از اسناد تکان‌دهنده پیرامون فجیع‌ترین قتل‌عام سیاسی تاریخ معاصر از بعد از جنگ دوم جهانی را کامل کرد.
منتظری در کتاب خاطرات خود که در آذرماه سال 1379 منتشر کرد، این اسناد را ضمیمه نمود.
فتوای خمینی و نامه احمد به خمینی را در نوشتار دیگری در همین صفحه می‌بینید. در این‌جا نگاهی می‌کنیم به نامه‌های منتظری:
اولین نامه تاریخ 9مرداد را دارد و منتظری در آن از جمله از «اعدام چند هزار نفر، در ظرف چند روز» نوشته است.
در این نامه‌ها منتظری عبارت «قتل‌عام» را به‌کار برده و از اعدام «چند هزار نفر در ظرف چند روز»، اعدام «بی گناهان یا کم گناهان»، «بی‌اعتنایی به همه موازین قضایی» اسم برده است.
این اسناد، البته اولین افشاگریهایی نبودند که قتل‌عام زندانیان سیاسی را که از مرداد سال67 شروع شده بود برملا می‌کردند. خبر این جنایت قبل از آن از دیوارهای قطور اختناق خمینی گذشته و انزجار جهانی را برانگیخته بود. در پاییز سال67 فعالیتها، تظاهرات و اعتصاب‌غذا با شرکت هزاران تن از هواداران مجاهدین و مقاومت ایران در 17کشور جهان، تأثیرات گسترده‌یی برجا گذاشت و منجر شد بسیاری از سازمانهای حقوق‌بشری بین‌المللی علیه این جنایت اعتراض کنند.
اما انتشار نامه‌های منتظری ویژگی حقوقی و سیاسی خاصی داشت از این‌رو که برای اولین بار اسنادی درباره چگونگی شروع قتل‌عام و نحوه اجرای آن و ابعاد این جنایت را برملا می‌کرد. به‌ویژه که این اسناد از جانب کسی منتشر می‌شد که دومین مقام رژیم ولایت‌فقیه محسوب می‌شود و خمینی او را به مدت ده سال در سمت قائم‌مقام خود حفظ کرده بود.
چندی بعد اضافه بر این نامه‌ها، اصل فتوای خمینی برای قتل‌عام زندانیان سیاسی انتشار پیدا کرد. انتشار نامه احمدی خمینی و پاسخ خمینی به آن که تأکید دوباره‌یی بود بر قتل‌عام زندانیان سیاسی این مجموعه از اسناد تکان‌دهنده پیرامون فجیع‌ترین قتل‌عام سیاسی تاریخ معاصر از بعد از جنگ دوم جهانی را کامل کرد.
منتظری در کتاب خاطرات خود که در آذرماه سال 1379 منتشر کرد، این اسناد را ضمیمه نمود.
فتوای خمینی و نامه احمد به خمینی را در نوشتار دیگری در همین صفحه می‌بینید. در این‌جا نگاهی می‌کنیم به نامه‌های منتظری:
اولین نامه تاریخ 9مرداد را دارد و منتظری در آن از جمله از «اعدام چند هزار نفر، در ظرف چند روز» نوشته است.
بسم الله الرحمن و الرحیم
محضر مبارک آیت‌الله العظمی امام خمینی مدظله العالی
پس از سلام و تحیت بعرض می‌رساند. راجع به دستور حضرتعالی مبنی بر اعدام منافقین موجود در زندانها، اعدام بازداشت‌شدگان حادثه‌ی اخیر را ملت و جامعه پذیرا است و ظاهراً اثر سویی ندارد ولی اعدام موجودین از سابق در زندانها: اولاً در شرایط فعلی، حمل بر کینه‌توزی و انتقامجویی می‌شود. و ثانیاً خانواده‌های بسیاری را که نوعاً متدین و انقلابی می‌باشند ناراحت و داغدار می‌کند و آنان جدّاً زده می‌شوند. و ثالثاً بسیاری از آنان سر موضع نیستند ولی بعضی از مسئولان تند با آنان معامله سرموضع می‌کنند. و رابعاً در شرایط فعلی که با فشارها و حملات اخیر صدام و منافقین ما در دنیا چهره مظلوم به خود گرفته‌ایم و بسیاری از رسانه‌ها و شخصیتها از ما دفاع می‌کنند صلاح نظام و حضرتعالی نیست که یکدفعه تبلیغات علیه ما شروع شود. و خامساً افرادی که به وسیله‌ی دادگاهها، با موازینی، در سابق محکوم به کمتر از اعدام شده‌اند، اعدام کردن آنان بدون مقدمه و بدون فعالیت تازه‌ای، بی‌اعتنایی به همه‌ی موازین قضایی و احکام قضاة است و عکس‌العمل خوب ندارد. و سادساً مسئولان قضایی و دادستانی و اطلاعات ما در سطح موسوی اردبیلی نیستند و اشتباهات و تأثر از جو بسیار و فراوان است با حکم اخیر حضرتعالی، بسا بی‌گناهانی و یا کم گناهانی هم اعدام می‌شوند و در امور مهمه احتمال هم منجز است. و سابعاً ما تا حال از کشتن‌ها و خشونت‌ها، نتیجه‌یی نگرفته‌ایم جز این‌که تبلیغات را علیه خود زیاد کرده‌ایم و جاذبه‌ی منافقین و ضدانقلاب را بیشتر نموده‌ایم به‌جا است مدتی با رحمت و عطوفت برخورد شود که قطعاً برای بسیاری جاذبه خواهد داشت. و ثامناً اگر فرضاً بر دستور خودتان اصرار دارید، اقلاً دستور دهید ملاک اتفاق‌نظر قاضی و دادستان و مسئول اطلاعات باشد نه اکثریت، و زنان هم استثنا شوند مخصوصاً زنان بچه‌دار. و بالاخره اعدام چندهزار نفر در ظرف چند روز، هم عکس‌العمل خوب ندارد و هم خالی از خطا نخواهد بود و بعضی از قضات متدین بسیار ناراحت بودند و بجاست این حدیث شریف مورد توجه واقع شود.
16ذی‌الحجه1408ـ ۹/۵/۶۷ حسینعلی منتظری (مهر و امضا)
دومین نامه منتظری به خمینی تاریخ 13مرداد سال67 را دارد. با وجود این‌که منتظری در نامه اول (به تاریخ 9مرداد) به «اعدام چند هزار نفر در ظرف چند روز» اشاره کرد بود. در نامه دوم باز از اجرای فرمان قتل‌عام خمینی به او شکایت می‌کند و نشان می‌دهد که در فاصله نامه اول تا دوم یعنی طی هشت روز موج اعدامها هم‌چنان ادامه داشته است.
محضر مبارک آیت‌الله العظمی امام خمینی مدظله العالی
پس از سلام و تحیت بعرض می‌رساند. راجع به دستور حضرتعالی مبنی بر اعدام منافقین موجود در زندانها، اعدام بازداشت‌شدگان حادثه‌ی اخیر را ملت و جامعه پذیرا است و ظاهراً اثر سویی ندارد ولی اعدام موجودین از سابق در زندانها: اولاً در شرایط فعلی، حمل بر کینه‌توزی و انتقامجویی می‌شود. و ثانیاً خانواده‌های بسیاری را که نوعاً متدین و انقلابی می‌باشند ناراحت و داغدار می‌کند و آنان جدّاً زده می‌شوند. و ثالثاً بسیاری از آنان سر موضع نیستند ولی بعضی از مسئولان تند با آنان معامله سرموضع می‌کنند. و رابعاً در شرایط فعلی که با فشارها و حملات اخیر صدام و منافقین ما در دنیا چهره مظلوم به خود گرفته‌ایم و بسیاری از رسانه‌ها و شخصیتها از ما دفاع می‌کنند صلاح نظام و حضرتعالی نیست که یکدفعه تبلیغات علیه ما شروع شود. و خامساً افرادی که به وسیله‌ی دادگاهها، با موازینی، در سابق محکوم به کمتر از اعدام شده‌اند، اعدام کردن آنان بدون مقدمه و بدون فعالیت تازه‌ای، بی‌اعتنایی به همه‌ی موازین قضایی و احکام قضاة است و عکس‌العمل خوب ندارد. و سادساً مسئولان قضایی و دادستانی و اطلاعات ما در سطح موسوی اردبیلی نیستند و اشتباهات و تأثر از جو بسیار و فراوان است با حکم اخیر حضرتعالی، بسا بی‌گناهانی و یا کم گناهانی هم اعدام می‌شوند و در امور مهمه احتمال هم منجز است. و سابعاً ما تا حال از کشتن‌ها و خشونت‌ها، نتیجه‌یی نگرفته‌ایم جز این‌که تبلیغات را علیه خود زیاد کرده‌ایم و جاذبه‌ی منافقین و ضدانقلاب را بیشتر نموده‌ایم به‌جا است مدتی با رحمت و عطوفت برخورد شود که قطعاً برای بسیاری جاذبه خواهد داشت. و ثامناً اگر فرضاً بر دستور خودتان اصرار دارید، اقلاً دستور دهید ملاک اتفاق‌نظر قاضی و دادستان و مسئول اطلاعات باشد نه اکثریت، و زنان هم استثنا شوند مخصوصاً زنان بچه‌دار. و بالاخره اعدام چندهزار نفر در ظرف چند روز، هم عکس‌العمل خوب ندارد و هم خالی از خطا نخواهد بود و بعضی از قضات متدین بسیار ناراحت بودند و بجاست این حدیث شریف مورد توجه واقع شود.
16ذی‌الحجه1408ـ ۹/۵/۶۷ حسینعلی منتظری (مهر و امضا)
دومین نامه منتظری به خمینی تاریخ 13مرداد سال67 را دارد. با وجود این‌که منتظری در نامه اول (به تاریخ 9مرداد) به «اعدام چند هزار نفر در ظرف چند روز» اشاره کرد بود. در نامه دوم باز از اجرای فرمان قتل‌عام خمینی به او شکایت می‌کند و نشان می‌دهد که در فاصله نامه اول تا دوم یعنی طی هشت روز موج اعدامها هم‌چنان ادامه داشته است.
بسمه تعالی
تاریخ: ۱۳/۵/۶۷
شماره: -
بسم الله الرحمن الرحیم
محضر مبارک آیهٴ الله العظمی امام خمینی مدظله العالی
پس از سلام و تحیت پیرو نامه مورخه ۹/۵/۶۷ برای رفع مسئولیت شرعی از خود به عرض می‌رساند:
سه روز قبل قاضی شرع یکی از استانهای کشور که مرد مورد اعتمادی می‌باشد با ناراحتی از نحوه اجراء فرمان اخیر حضرتعالی به قم آمده بود و می‌گفت: مسئول اطلاعات یا دادستان - تردید از من است – از یکی از زندانیان برای تشخیص این‌که سرموضع است یانه پرسید: تو حاضری سازمان منافقین را محکوم کنی
گفت: آری. پرسید: حاضری مصاحبه کنی. گفت: آری. پرسید: حاضری برای جنگ با عراق به جبهه بروی. گفت: آری
پرسید: حاضری روی مین بروی.
گفت: مگر همه مردم حاضرند روی مین بروند وانگهی از من تازه مسلمان نباید تا این حد انتظار داشت
گفت: معلوم می‌شود تو هنوز سر موضعی و با او معامله سر موضع انجام داد.
و این قاضی شرع می‌گفت: من هر چه اصرار کردم پس ملاک اتفاق آرا باشد نه اکثریت پذیرفته نشد و نقش اساسی را همه جا مسئول اطلاعات دارد و دیگران عملاً تحت‌تاثیر می‌باشند.
حضرتعالی ملاحظه فرمایید چه کسانی با چه دیدی مسئول اجراء فرمان مهم حضرتعالی که به دماء هزاران نفر مربوط است می‌باشند والسلام علیکم و رحمه الله و برکاته حسینعلی منتظری
سومین نامه منتظری 11روز پس از نامه دوم نوشته شده است و خطاب به هیأت به‌اصطلاح قضاتی است که مسئول اجرای حکم قتل‌عام خمینی بوده‌اند. منتظری در شروع نامه اسم اعضای این هیأت را ذکر کرده است که عبارتند از: نیری، اشراقی، رئیسی و پور محمدی. (سابقه اعضای «هیأت مرگ» را در همین صفحه می‌توانید بخوانید) . این نامه باز نشان می‌دهد که در این فاصله اعدامها، بی‌وقفه ادامه داشته است. در این نامه گوشه‌های تکان دهندهٴ دیگری از جنایت قتل‌عام زندانیان سیاسی برملا می‌شود:
تاریخ: ۱۳/۵/۶۷
شماره: -
بسم الله الرحمن الرحیم
محضر مبارک آیهٴ الله العظمی امام خمینی مدظله العالی
پس از سلام و تحیت پیرو نامه مورخه ۹/۵/۶۷ برای رفع مسئولیت شرعی از خود به عرض می‌رساند:
سه روز قبل قاضی شرع یکی از استانهای کشور که مرد مورد اعتمادی می‌باشد با ناراحتی از نحوه اجراء فرمان اخیر حضرتعالی به قم آمده بود و می‌گفت: مسئول اطلاعات یا دادستان - تردید از من است – از یکی از زندانیان برای تشخیص این‌که سرموضع است یانه پرسید: تو حاضری سازمان منافقین را محکوم کنی
گفت: آری. پرسید: حاضری مصاحبه کنی. گفت: آری. پرسید: حاضری برای جنگ با عراق به جبهه بروی. گفت: آری
پرسید: حاضری روی مین بروی.
گفت: مگر همه مردم حاضرند روی مین بروند وانگهی از من تازه مسلمان نباید تا این حد انتظار داشت
گفت: معلوم می‌شود تو هنوز سر موضعی و با او معامله سر موضع انجام داد.
و این قاضی شرع می‌گفت: من هر چه اصرار کردم پس ملاک اتفاق آرا باشد نه اکثریت پذیرفته نشد و نقش اساسی را همه جا مسئول اطلاعات دارد و دیگران عملاً تحت‌تاثیر می‌باشند.
حضرتعالی ملاحظه فرمایید چه کسانی با چه دیدی مسئول اجراء فرمان مهم حضرتعالی که به دماء هزاران نفر مربوط است می‌باشند والسلام علیکم و رحمه الله و برکاته حسینعلی منتظری
سومین نامه منتظری 11روز پس از نامه دوم نوشته شده است و خطاب به هیأت به‌اصطلاح قضاتی است که مسئول اجرای حکم قتل‌عام خمینی بوده‌اند. منتظری در شروع نامه اسم اعضای این هیأت را ذکر کرده است که عبارتند از: نیری، اشراقی، رئیسی و پور محمدی. (سابقه اعضای «هیأت مرگ» را در همین صفحه می‌توانید بخوانید) . این نامه باز نشان می‌دهد که در این فاصله اعدامها، بی‌وقفه ادامه داشته است. در این نامه گوشه‌های تکان دهندهٴ دیگری از جنایت قتل‌عام زندانیان سیاسی برملا می‌شود:
بسمه تعالی
تاریخ ۲۴/۵/۶۷
خطاب به آقایان نیری و اشراقی و رئیسی و پور محمدی
من بیش از همه شما از منافقین ضربه خورده‌ام چه در زندان و چه در خارج از زندان – فرزند مرا آنان به‌شهادت رساندند- اگر بنا بر انتقامجویی باشد من بیشتر باید دنبال کنم ولی من مصلحت اسلام و انقلاب و کشور و حیثیت ولایت‌فقیه و حکومت اسلام را در نظر می‌گیرم. من قضاوت آیندگان و تاریخ را در نظر می‌گیرم.
این‌گونه قتل‌عام بدون محاکمه آن هم نسبت به زندانی و اسیر قطعاً در درازمدت به نفع آنهاست و دنیا ما را محکوم می‌کند و آنان را بیشتر به مبارزه مسلحانه تشویق می‌کند، مبارزه با فکر و ایده از طریق کشتن غلط است.
روش پیغمبر را با دشمنان خود در فتح مکه و جنگ هوازن ببینید به چه نحو بوده است پیغمبر با عفو گذشت برخورد کرد و از خدا لقب رحمه للعالمین گرفت روش امیرالمؤمنین با اهل جمل را پس از شکست ملاحظه کنید.
بسیاری از افراد سرموضع را رفتار بازجوها و زندانبانها آنان را به‌سر موضع کشانده والا قابل انعطاف بروند.
مجرد این‌که اگر آنان را آزاد کنیم به منافقین ملحق می‌شوند و موجب صدق عنوان محارب و یاغی بر آنان نمی‌شود. امیرالمؤ منین نسبت به ابن ملجم قصاص قبل از جنایت انجام نداد. با این‌که خودش فرمود او قاتل من است.
مجرد اعتقاد فرد را داخل عنوان محارب و یاغی نمی‌کند و ارتداد سران فرضا موجب حکم به ارتداد سمپاتها نمی‌شود.
قضاوت و حکم باید در جو سالم و خالی از احساسات باشد (لا یقضی القاضی و هو غضبان) الآن با شعارها و تحریکات جو اجتماعی ما ناسالم است ما از جنایت منافقین در غرب ناراحتیم به جان اسرا و زندانیان سابق افتاده‌ایم وانگهی اعدام آنان بدون فعالیت جدید زیر سؤال بردن هم قضات و همه قضاوتهای سابق است کسی را که به کمتر از اعدام محکوم کرده‌اید به چه ملاک اعدام می‌کنید؟
من بیش از همه به فکر حیثیت حضرت امام و چهره ولایت‌فقیه می‌باشم و نمی‌دانم موضوع را به چه نحوی بایشان رسانده‌اند؟ این همه ما، در فقه بحث احتیاط در دماء و اموال کردیم همه غلط بود؟
من چندین نفر از قضات عاقل و متدین را دیدم که ناراحت بودند و از نحوه اجراء شکایت داشتند و می‌گفتند تندروی می‌شود و نمونه‌های زیادی را ذکر می‌کردند که بی‌جهت اعدام اجراء شده است.
در خاتمه مجاهدین خلق اشخاص نیستند یک سنخ فکر و برداشت است یک نحو منطق است و منطق غلط را باید با منطق صحیح جواب داد با کشتن حل نمی‌شود بلکه ترویج می‌شود. انشاءالله موفق باشید ح – م
(حاشیه کناری) حالا ملاقاتها و تلفنها را قطع کرده‌اید فردا در جواب خانواده‌ها چه خواهند گفت؟
