مطهری‌نیا کارشناس حکومتی با اذعان به سردرگمی و موضع ضعف نظام در تعادل کنونی در رابطه با مذاکرات برجام، «فضای مذاکرات را گرگ و میش» عنوان کرد و
تلویحاً نتیجه مذاکرات هسته‌یی با طرفهای بین‌المللی را باخت باخت برای نظام توصیف کرد (روزنامه حکومتی مستقل ۲۶آبان).
مستقل با درج مطلبی از مطهری‌نیا کارشناس حکومتی با عنوان «عادی شدن رابطه با آمریکا ممکن است» نوشت: غرب تلاش می‌کند با دادن آنچه علی لاریجانی از آنها به‌عنوان آب‌نبات چوبی یاد می‌کرد، شرایط پای میز مذاکره آمدن ایران را مهیا کند و سپس برجام پلاس را بر ایران دیکته کند و در نهایت در این صحنه ایران باید بپذیرد که به یک بازیگر فوق عادی در نظام بین‌الملل تبدیل شود. این نکته گویای شکست کامل ایران در مقابل آمریکا و غرب و شرق است و پذیرش آن برای جمهوری اسلامی و شعارهای انقلابی که اکنون یک نظام یکدست آن را هدایت می‌کند هزینه‌آور خواهد شد.
مطهری‌نیا افزود: پارادوکس بعدی به این بستگی دارد که بپذیریم گل و بلبل خواهد شد یا قطعنامه مثل ۵۹۸ امضا خواهد شد و یکسال، فضای خوب بر اثر برداشتن تحریم ایجاد می‌شود اما آیا بعد از آن دولت خواهد توانست از این فرصت برای یک جهش اقتصادی استفاده کند؟ در این هم تردید وجود دارد و، اگر یکسال بعد از باز شدن این فضا این جهش اقتصادی به دست نیاید دیگر بهانه‌ٔ تحریم‌ها و دشمنی دشمنان بر علیه ایران در زمینه‌های اقتصادی هم پاسخگو نخواهد بود. این جا هم پارادوکس بعدی ظهور پیدا می‌کند...
. . از این جهت ابرهای پارادوکس عدم قطعیت بر فضای کنش سیاسی در ارتباط با پرونده هسته‌یی غلظت بسیار زیادی پیدا کرده است و فضای مذاکرات را گرگ و میش نموده است تا نظام جمهوری اسلامی و جهت‌گیریهای آن در نظام بین‌الملل وجود دارد و دشمن متوجه آمریکا به‌عنوان سرکرده امپریالیسم جهانی می‌شود عادی شدن روابط با آمریکا یک امر ممکن است. امر ممکن دور از دسترس است و لذا هیچگاه مسائل مربوط به ایران آن‌گونه که ایران می‌خواهد حل نمی‌شود چون پرونده اصلی همین پرونده است. حقوق‌بشر، حضور ایران در منطقه، استفاده از سلاحهای غیرعادی نیز به پرونده هسته‌یی اضافه شده‌اند. لذا این امر امری ممکن تلقی می‌شود.
