- مهمترین اتفاق در تاریخ سازمان مجاهدین قطعاً مسعود رجوی است. او تنها عضو زنده هسته مرکزی سازمان مجاهدین خلق است.
- از همان اول معلوم بود مجاهدین میانه خوبی با جمهوری اسلامی ندارند. آنها به قانون اساسی رأی ندادند موضوعی که باعث شد خمینی اجازه ندهد مسعود رجوی در انتخابات ریاست‌جمهوری وارد رقابت ها بشود.
- در ماجرایی که به اعدام‌های گسترده سال۶۷ آن را تعبیر می‌کنند، از خمینی چهره دیگری را می‌بینیم. خمینی در دستوری قاطع محارب بودن مجاهدین را اعلام کرد و دستور اعدام زندانی‌هایی که از وابستگی‌شان پشیمان نبودند را صادر کرد.
- بر اساس آمار رسمی آنها تا امروز چیزی در حدود ۱۷هزار را به قتل رساندند.
تلویزیون رژیم روز ۱۲خرداد ۹۹ به موازات تشکیل مجلس انقباضی و دولت حزب‌اللهی در برنامه‌یی، مسعود رجوی رهبر مقاومت ایران را به‌طور افسارگسیخته مورد حمله قرار داد:
گزارشگر: «اما مهمترین اتفاق در تاریخ سازمان مجاهدین قطعاً مسعود رجوی است ... که تنها عضو زنده هسته مرکزی سازمان مجاهدین خلق است ... .
پیروزی انقلاب اسلامی برای سازمان مجاهدین خلق یک فرصت مناسب بود چون در آستانه سرنگونی شاه مسعود رجوی از زندان آزاد شد و برای حیات دوباره تشکیلاتی‌اش شروع به فعالیت کرد».
مسعود رجوی: «ما بدون این‌که در فکر و در خیال برد و باخت باشیم یا کسب عنوان و مقام نظرمان را جلب کرده باشد کما این‌که طی این مدت لااقل این را به اثبات رساندیم که از ابتدای انقلاب هم در پی چنین چیزهایی نبودیم، موفقیت نفس این تجربه را که همان مشارکت فعال نیروهای انقلابی از این قبیل هست».
گزارشگر: «از همان اول معلوم بود این سازمان میانه خوبی با جمهوری اسلامی ندارد... . . مثلا وقتی امام دستور داد همه مردم سلاحهایی را که از پادگانهای ارتش شاه برده بودند را برگردانند سازمان مجاهدین خلق این کار را نکرد آنها به قانون اساسی جمهوری اسلامی هم رأی ندادند موضوعی که باعث شد تا امام اجازه ندهد مسعود رجوی در اولین انتخابات ریاست‌جمهوری وارد رقابت ها بشود ...
بر اساس آمار رسمی آنها تا امروز چیزی در حدود ۱۷هزار ایرانی را به‌قتل رساندند ...
رجوی خرداد ماه۶۵ وارد عراق شد و صدام هم رسماً از او استقبال کرد بعد از اون اعضای سازمان از ترکیه پاکستان و کردستان عراق به مقرهای سازمان در عراق فراخوانده شدند از آن به بعد واحدهای عملیاتی منافقین ... ... رسماً وارد جنگ شدند.
آنها نقش مهمی در امنیتی شدن پرونده هسته‌یی ایران داشتند و اولین گروهی بودند که ادعا کردند ایرانیها در مکانهای مخفی در حال تولید سلاح هسته‌یی هستند».
مسعود رجوی: «چنانکه می‌دانید کمیسیون تحقیقات دفاعی و استراتژیک شورای ملی مقاومت در مرداد و هم‌چنین در مهرماه امسال سال۸۱ با انتشار دو گزارش مستند و تکان‌دهنده که در سطح بین‌المللی توجه زیادی ایجاد کرد از پروژه‌های مخفی اتمی و تسلیحات شیمیایی میکروبی رژیم همراه با برنامه توسعه موشکی‌اش پرده برداشت».
گزارشگر: «امام خمینی در روزهایی که خیلی‌ها هنوز صف سازمان مجاهدین را از مردم جدا نکرده بودند هم آنها را تأیید نمی‌کرد».
خمینی: «من نجف که بودم یک نفر از همین آمد قبل از این‌که این منافقین پیدا شوند هر روز آمد آنجا و شاید روزی ۲ساعت آمد صحبت کرد از نهج‌البلاغه از قرآن همه حرف‌هایش را زد من یک قدری به‌نظر م آمد که این وسیله است بعضی کارها وسیله برای مطلب دیگری است و آمده بود که تأیید بگیرد از من ... حتی آقایان خیلی محترمی در تهران چیز کرده بودند اینها مردم چطور هستند من باورم نیامده... . .
گزارشگر: با این وجود امام همیشه معتقد بودند حساب بدنه منافقین با سران آنها جدا هست و باید هر طور شده آنها را به دامنه ملت برگرداند ... . .
خمینی: «چرا خودتان را به تباهی می‌کشید و با اسم استقلال ایران می‌خواهید ایران را به چنگال گرگ های قدرتمند مبتلا کنید یک قدری تفکر کنید ملت ما یک قدری در حال این افراد تفکر کنند و پدر و مادرهای این جوانهای گول خورده، این دخترهای گول خورده، این پسرهای گول خورده، تفکر کنند آنها را هدایتها کنند. ما خیر شما را می‌خواهیم، جمهوری اسلامی خیر دنیا و آخرت شما را می‌خواهد جمهوری اسلامی استقلال واقعی شما را می‌خواهد».
گزارشگر: «البته رفتار امام با منافقین همیشه با همین ملایمت نبوده و مثلاً در ماجرایی که منافقین به اعدام‌های گسترده سال۶۷ آن را تعبیر می‌کنند از امام خمینی چهره دیگری را می‌بینیم که به ۲۷ تیرماه ۱۳۶۷ برمی‌گردد یعنی روزی که جمهوری اسلامی ایران برای پایان جنگ قطعنامه ۵۹۸ را قبول کرد... .
مسعود رجوی در یک عملیات بزرگ دستور حمله به ایران را صادر کرد عملیاتی به نام فروغ جاویدان، عملیات فروغ جاویدان سوم مرداد آغاز شد ... .
منافقین توانستند قصرشیرین، سرپل ذهاب، کرند غرب و اسلام‌آباد غرب را اشغال و تخریب کنند اما نیروهای ارتش و سپاه که از جبهه‌های جنوب خودشان را رسانده بودند توانستند جلوی آنها را سد بکنند ... . .
تعداد کشته‌های منافقین در آن عملیات قطعاً بیش از ۲۰۰۰نفر هست اما خود آنها کشته شدن ۱۳۰۴نفر را تأیید کردند آنها زخمی‌هایشان را ۱۵۰۰نفر اعلام کردند ... ». .
مسعود رجوی: «اگر چه بیش از هزار جاودانه‌فروغ را که هر کدام عالمی بودند هر کدام چه زن و چه مرد شیر آهن کوهی بودند و جواهری و تاریخچه‌ای اگر چه اینها را فدا کردیم اما به‌وضوح می‌بینم مثل بیست و سه چند سال گذشته که امروز به نسبت دیروز مجاهدین و ارتش آزادیبخش خیلی خیلی زیاد تر شده‌اند». . .
گزارشگر: «این جا بود که امام خمینی در دستوری قاطع محارب بودن منافقین را اعلام کرد و دستور اعدام زندانی‌هایی که از وابستگی‌شان به سازمان مجاهدین پشیمان نبودند را صادر کرد».
فتوای خمینی: «از آنجا که منافقین خائن به هیچ‌وجه به اسلام معتقد نبوده و هر چه می‌گویند از روی حیله و نفاق آنهاست و به اقرار سران آنها از اسلام ارتداد پیدا کرده‌اند با توجه به محارب بودن آنها و جنگ کلاسیک آنها در شمال و غرب و جنوب کشور با همکاریهای حزب بعث عراق و نیز جاسوسی آنها برای صدام علیه ملت مسلمان ما و با توجه به ارتباط آنان با استکبار جهانی و ضربات نا جوانمردانه آنان از ابتدای تشکیل نظام جمهوری اسلامی تاکنون کسانی که در زندانهای سراسر کشور بر سر موضع نفاق خود پافشاری کرده می‌کنند محارب و محکوم به اعدام می‌باشند و تشخیص موضوع نیز در تهران با رأی اکثریت آقایان حجت الاسلام نیری دامة افاضاته قاضی شرع و جناب آقای اشراقی دادستان تهران و نماینده‌ای از وزارت اطلاعات می‌باشد اگر چه احتیاط در اجماع است و همین طور در زندانهای مراکز استان کشور رأی اکثریت آقایان قاضی شرع، دادستان انقلاب و یا دادیار و نماینده وزارت اطلاعات لازم‌الاتباع می‌باشد. رحم بر محاربین ساده‌اندیشی است. قاطعیت اسلام در برابر دشمنان خدا از اصول تردید ناپذیر نظام اسلامی است. امیدوارم با خشم و کینه انقلابی خود نسبت به دشمنان اسلام رضایت خداوند متعال را جلب نمائید. آقایانی که تشخیص موضوع به عهده آنان است وسوسه و شک و تردید نکنند و سعی کنند اشداء علی الکفار باشند. تردید در مسائل قضایی اسلام انقلابی نادیده گرفتن خون پاک و مطهر شهدا می‌باشد و السلام».
لازم به یادآوری است که منتظری روز دوشنبه ۲۴مرداد ۶۷ در دیدار با هیات مرگ خطاب به آنها گفت: «. به نظر من بزرگترین جنایت که در جمهوری اسلامی شده و در تاریخ ما رو محکوم می‌کنه به دست شما انجام شده و شما را در آینده جزو جنایتکاران توی تاریخ می‌نویسند. این، بی‌رودربایستی
مردم از ولایت فقیه داره چندش‌شون میشه. ... . .
در خاتمه مجاهدین خلق اشخاص نیستند یک سنخ فکر و برداشت است. یک نحو منطق است و منطق غلط را باید با منطق صحیح جواب داد. با کشتن حل نمی‌شود بلکه ترویج می‌شود».
