ستاد کل نیروهای مسلح رژیم سخنان وزیر اطلاعات کابینه آخوند روحانی درباره عامل هلاکت فخریزاده را تکذیب کرد. خبرگزاری حکومتی ایسنا ۲۸بهمن نوشت: «بهدنبال اظهارات و ادعای اخیر علوی وزیر اطلاعات پیرامون دست داشتن یکی کارکنان نیروهای مسلح در ترور محسن فخریزاده، ستاد کل نیروهای مسلح اعلام کرد: فرد مورد ادعای وزیر اطلاعات در سال۹۳ در حال آموزش دیدن بوده است و در همان سال اخراج گردیده است. لذا انتظار میرفت وزیر اطلاعات در اظهارات رسانهیی خود آن هم در پخش زنده، دقت بیشتری مینمود که بهانهیی به دست دشمنان جنایتکار نظام ندهد».